第三阶段：整改落实（2009年1月下旬至2月下旬）。重点抓好三个环节：
1、制订整改落实方案（2009年2月上旬）。以分析报告为依据，对查摆出的问题和需要完善的制度，按照轻重缓急和难易程度，分别指出整改落实的目标、方式和时限，明确分管领导、分管处室，注重可操作性，使整改落实工作有章可循。整改方案制订后，向党员、群众公布，接受监督。广大党员要积极献言献策，努力转变作风，改进工作。
2、集中解决突出问题（2009年2月上旬至下旬）。除对委党组初步理出的重点问题进行集中解决外，对其他问题也要逐步解决。解决问题注意防止形式主义、短期行为和“形象工程”。
3、完善体制机制（2009年2月中旬至下旬）。认真学习掌握党的方针政策和国家的法律法规，充分借鉴学习调研成果，从促进科学发展的需要出发，认真清理现有的规章制度，做好废、改、立工作，努力解决制度缺失和体制障碍等突出问题。对需要上下共同努力才能解决的体制机制问题，可以向有关机构提出建议。
学习实践活动基本完成时，做好总结提高工作，并向广大党员、群众通报。在此基础上，确定各单位、各层次参加测评人数对我委解决影响和制约科学发展突出问题、开展学习实践活动情况进行满意度测评，其结果向群众公布。根据测评情况，进一步完善整改落实措施，确保学习实践活动中尚未解决的突出问题继续得到有效解决。
五、加强领导，确保学习实践活动取得实效
开展学习实践活动，是全党政治生活中的一件大事。各级党组织要把学习实践活动摆上重要议事日程，高度重视，精心组织，把深入学习、提高认识贯穿始终，把解放思想、改革创新贯穿始终，把解决问题、完善体制机制贯穿始终，把依靠群众、发扬民主贯穿始终，坚持进度服从质量，确保活动取得实效。
（一）加强领导，落实责任。委党组研究决定成立以委党组书记、主任王永耀任组长，各党组成员为成员的我委开展深入学习实践科学发展观活动领导小组。领导小组下设办公室。委党组成员、纪检组长王保安任办公室主任，有关处室负责人为办公室成员，负责指导和督促检查委各支部（党委）学习实践活动，防止走过场、出偏差。要形成以主要领导为第一责任人、分管领导为直接责任人、基层党组织负责人为具体责任人的责任体系及一把手负总责、一级抓一级、层层抓落实的工作格局。
