2、复审环节。重庆市财政局为复审部门，主要工作职责是对初审机关提交的初审意见是否合规进行复核，在一般增值税“先征后退”清算表和《一般增值税退付申请书》原件签署复审意见并加盖公章，通过正式文件转报终审部门办理终审。
3、终审环节。财政部驻重庆市财政监察专员办事处为终审部门，主要工作职责是对复审机关提交的复审、初审意见的合规性进行最终审核，并在一般增值税“先征后退”清算表和《一般增值税退付申请书》原件签署意见并加盖公章，出具终审批复文件并抄送相关单位。
（三）退库环节
企业持批复文件、一般增值税“先征后退”清算表、《一般增值税退付申请书》，依据财政隶属关系到所属财政部门开具收入退还书，并向所属金库申请退库，各级财政部门和金库根据审批资料据实办理退库事宜。
四、审批工作时限
纳税人原则上按季申请退税，初审财政部门应当在每季末25日前，向重庆市财政局提交初审意见；重庆市财政局应当在下个季初收5个工作日内向重庆专员办提交复审意见；重庆专员办应当在收到复审意见之日的10个工作日内完成终审并办理妥当有关退税手续。个别经区县财政认定的龙头企业可按规定程序按月申请退税。
五、监督和罚则
（一）初审、复审财政部门应当定期（自收到纳税人第一次退税申请之日起至少每12个月一次）向同级公安、商务、环保和税务部门及人民银行对纳税人申明的内容进行核实，对经查实的与申明不符的问题要严肃处理。凡问题在初次申请退税之日前发生的，应当追缴纳税人此前骗取的退税款，根据税法和《
财政违法行为处罚处分条例》的相关规定进行处罚，并取消其以后申请享受本通知规定退税政策的资格；凡问题在初次申请退税之日后发生的，取消其刑事处罚和行政处罚生效之日起申请享受本通知规定退税政策的资格。
（二）重庆专员办、重庆市财政局不定期安排对审批退税落实情况的检查和督导，抽查初审财政部门和国库部门是否按规定及时、足额向申请人办理退税，有无拒不执行退税批复、不及时落实退税政策等问题。
（三） 各级财政部门应依法行政，严格执行再生资源增值税退付相关审核规定，检查如发现有审核把关不严、违反规定办理增值税退库而造成财政资金损失等问题，将根据《
财政违法行为处罚处分条例》第
四条、第
五条规定对经办部门及有关责任人予以处罚。
