小型水利工程管理体制改革的目标：以明晰管理业主为重点，放开使用权，搞活经营权，大力开展以承包、租赁、拍卖、股份合作为主要形式的管理制度改革，大力推行防汛抗旱、综合经营、工程管理“三位一体”的管理模式。在2005年年底前，全面完成小型水利工程管理体制改革任务。
二、水利工程管理体制改革的主要内容
（一）规范管理，明确权责
1、完善管理体制。乡镇水管站纳入乡镇体制改革。
大型水利工程管理。原则上由市政府或由市政府交市水务局负责管理。
堤防工程管理。由县以上水行政主管部门负责本行政区域内堤防工程的统一管理和监督。堤防管理机构（含乡镇）负责堤防工程的具体管理与维护。
中型水利工程管理。跨县（市、区）行政区划的中型水利工程，由该水利工程枢纽所在地的县（市、区）水行政主管部门负责管理。同一行政区划的中型水利工程，由县水行政主管部门负责管理。
小型水利工程管理（小＜二＞型以上水库工程）。小（一）型、跨乡镇行政区划和影响城镇、交通干线、军事设施、工矿、学校、人员集中区安全的重点小（二）型水库工程，由县（市、区）水行政主管部门负责管理，其它小型水利工程由乡镇水利管理站负责管理。
2、明确管理职责。各级政府应依法保障本行政区划内水利工程安全，消除险情隐患。水行政主管部门对各类水利工程负有行业管理责任，负责监督检查和指导水利工程建设、管理、养护和安全运行。
各级水行政主管部门要按照政企分开、政事分开的原则，转变职能，改革管理方式，提高管理水平。水管单位负责水利工程的管理、运行和维护，保证工程安全和充分发挥效益。
建立和完善责任追究制度。水行政主管部门管理的水利工程因人为因素出现安全事故的，要依法追究水管单位、水行政主管部门及有关部门和属地政府的责任；其他单位管理的水利工程因人为因素出现安全事故的，要依法追究业主责任和水行政主管部门的行业管理责任。
（二）水管单位定性，人员定编、定岗
1、定性。根据水管单位承担的任务和收益状况，将现有水管单位分为三类：
第一类：承担防洪、排涝等水利工程管理运行维护任务的水管单位（包括堤委会、电排站），定为纯公益性水管单位，定性为事业单位。
