进一步加快开发区集中供热中心及供热管网建设，新入区企业不得自建锅炉，确因工艺需要建设的加热设备必须使用天然气、轻质柴油、电等清洁能源，一旦实现集中供热，区内现有燃煤锅炉须立即取缔。入区企业生产废气须经有效处理后达标排放，并严格控制各类废气无组织排放，尽可能变无组织为有组织排放。生产工艺废气排放执行《
大气污染物综合排放标准》（GB16297-1996）表2中二级标准；恶臭污染物排放执行《恶臭污染物排放标准》（GB14554-93）中相应标准；工业窑炉废气排放执行《工业炉窑大气污染物排放标准》（GB9078-1996）二级标准。
开发区不设置固体废物处置场所，但须建立统一的固废（特别是危险废物）收集、贮存、运输、综合利用和安全处置的运营管理体系，危险废物处置须纳入南通市危废处置系统，鼓励工业固体废物在区内综合利用。区内危险废物的收集、贮存须符合国家《危险废物贮存污染控制标准》，防止产生二次污染。
6、加强开发区环境监督管理，建立跟踪监测制度
由启东市环保局在该开发区的中心区及滨海工业集中区分别设立派出机构，统一进行环境监督管理。落实报告书提出的环境监控计划，对开发区内外环境实施跟踪监控，以便及时调整开发区总体发展规划和相应的环保对策措施，尤其要加强对接纳含重金属废水的三星河底泥的监控，及时采取清淤等整治措施。
7、加强环境风险防范，制定完善的事故应急预案
高度重视并切实加强开发区环境安全管理工作，制订危险化学品的登记管理制度，在开发区基础设施和企业生产运营管理中须制定并落实严格的环境风险防范措施和事故应急预案，区内各危险化学品库区及使用危险化学品的生产装置周边须设置物料泄漏应急截流沟，防止泄漏物料进入环境，并储备事故应急设备物资，定期组织实战演练，确保开发区环境安全。污水处理厂及排放工业废水的企业均须设置足够容量的事故污水池，严禁污水超标排放。
8、开发区实行污染物排放总量控制
开发区污染物排放总量指标纳入启东市总量指标内，入区企业水污染物总量指标纳入集中污水处理厂指标计划内，不另行核批。大气污染物总量指标由启东市域内通过“以新带老”获得；非常规污染物排放总量控制指标可根据环境要求和入区企业实际情况由负责建设项目审批的环保部门核批。严格控制污水厂尾水中挥发酚排放浓度，不得突破报告书提出的挥发酚排放总量。
