三、改革乡镇卫生院管理体制
乡镇卫生院管理主要由县（市、区）政府负责。原则上每个建制乡镇必须有一所政府举办的卫生院。其余的乡镇卫生院，可以根据实际情况改造为乡镇卫生院的分支机构，主要承担公共卫生服务；也可通过资源重组或规范化改制，转为医院、门诊部、诊所、村卫生室或其他用途。在改制过程中要严格执行国有资产管理法律法规，规范资产评估和运作程序，防止国有和集体资产流失；切实保障员工的合法权益，妥善安置下岗职工和离退休人员；按照法律法规，办理相关的变更或注册登记手续。 2007 年，乡镇卫生院人员、业务、经费要划归县（市、区）统筹管理，乡镇政府对乡镇卫生院的各项工作要继续给予支持。经济发达地区的乡镇卫生院可实行县（市、区）统筹管理，也可实行县（市、区）、镇共管。加强县（市、区）的统筹管理力度。
在合理调整乡镇卫生院规划布局的基础上，根据区域卫生规划，按功能将乡镇卫生院明确划分为中心卫生院和一般卫生院。一般卫生院提供预防、康复、保健、健康教育、基本医疗、中医、计划生育技术指导等综合服务，承担辖区内公共卫生管理和突发公共卫生事件的报告任务，负责对村卫生站的业务指导和对村医的培训及管理。中心卫生院除具有一般卫生院的功能外，还是一定区域范围内的基本医疗服务和技术指导中心。
加强乡镇卫生院编制管理。省编制部门会同卫生、财政部门按照精简、高效原则，根据服务人口、工作项目等因素，合理核定各县（市、区）乡镇卫生院人员编制总额，规范乡镇卫生院科室设置和岗位设置。严格准入条件，压缩非卫生技术人员，禁止非卫生技术人员进入卫生技术岗位，乡镇卫生院编制卫生技术人员比例不低于人员总数的 90％。对不符合执业资格或超编人员，要逐步分流、清退。
四、建立稳定的乡镇卫生院投入保障机制
各地要认真落实国家有关部委关于农村卫生事业补助政策的要求，加大农村卫生投入，新增卫生事业经费主要用于发展农村卫生事业；经济欠发达地区乡镇卫生院事业费主要由县（市、区）级财政负责，省和市级财政给予支持。经济发达地区乡镇卫生院的年度经费由市级、县（市、区）级和镇级财政共同落实，并可根据当地财力状况适当提高核拨标准。根据卫生院的不同功能类别合理安排人员和年度工作经费，确保其向群众提供安全、有效、方便、价廉的公共卫生和基本医疗服务。
