（1）财政直接支付程序。预算单位按照批复的部门预算和资金使用计划，向财政支付执行机构提出支付申请，财政支付执行机构根据批复的资金使用计划对支付申请审核无误后，向代理银行发出支付令，并通知中国人民银行国库部门，通过代理银行进入全国银行清算系统实时清算，财政资金从国库单一账户划拨到收款人的银行账户。
工资性支付涉及的各项预算单位人员编制、工资标准、开支数额等，分别由编制部门、人事部门和财政部门核定。
（2）财政授权支付程序。预算单位按照批复的部门预算和资金使用计划，在财政部门批复的额度内，自行开具支付令，代理银行根据支付指令在财政下达的授权支付额度内向收款人付款，并与国库单一账户清算。
上述财政直接支付和授权支付流程，以现代化银行支付系统和财政信息管理系统的国库管理操作系统为基础。财政支付执行机构或预算单位的支付令通过信息传递转到代理银行，代理银行通过支付系统向收款人付款，并在每天轧账前，与国库单一账户进行清算。
预算外资金的支付，比照上述程序实施。
（四）集中支付预算单位财政性资金。
财政收入直达国库或财政专户后，财政性资金的支付通过国库单一账户体系或财政专户直接支付到商品和劳务的供应者。财政性资金的现金流原则上不再通过预算单位。预算单位仍履行《
会计法》等法律法规赋予的各项职责。
三、国库集中支付改革的配套措施
（一）进一步深化部门预算编制改革。按照内容完整、项目明细、定额科学、程序规范的原则，编制部门综合财政预算，逐步使所有财政资金的支付建立在明晰的预算基础上，为顺利实施国库单一账户制度创造条件。
（二）修订和制定相关管理制度和办法。制定《衡阳市财政国库管理制度改革试点资金支付管理办法》、《衡阳市财政国库管理制度改革会计核算暂行办法》、《衡阳市国库集中支付代理银行资格认定管理办法》等一系列配套制度和管理办法，建立和完善财政收支对账制度和报表体系，保障各项业务顺利开展。
（三）清理整顿单位银行账户。对预算单位在银行及其他金融机构开设的所有账户进行清理，取消不符合改革规定的银行账户，保证国库单一账户体系正常运行。
（四）建立财政管理信息系统和国库管理操作系统。主要包括：预算编制系统和预算执行管理系统，保证预算资金的拨付符合预算安排和支出进度要求；收入管理系统，监控税收和非税收入征收情况；国库现金管理系统，及时反映国库每天的收支和平衡状况；国库收支总分类账系统，做到所有收支账目在一个系统中反映；债务管理系统，全面反映国债偿还、余额情况。
