2、补偿原则。
（1）公平普惠原则。新型农村合作医疗是国家统一研究建立的，覆盖全人群的基本医疗保障制度，要始终体现公平普惠的制度性质。
（2）基本保障原则。新型农村合作医疗制度设计与保障水平，必须坚持与区域经济社会发展相协调，必须坚持实事求是和基本医疗保障的根本方向。
（3）政策衔接原则。涉及新型农村合作医疗制度覆盖人群享受政府专项补助、社会慈善捐助等政策，必须坚持“先保障，后补助”最大程度受益的政策衔接原则。
3、补偿方案。
（1）合理调整设置和使用补偿“起付线”。发挥“起付线”在引导参合人员有序就医和降低基金透支风险中的“双重保护”作用。
（2）适当提高住院统筹与门诊统筹的补偿比例。新型农村合作医疗补偿方案必须坚持以收定支、收支平衡、略有结余、风险分担的设计原则，门诊补偿政策的设计要有利于对辖区群众就医情况的统计分析，逐步缩小住院统筹与门诊（普通、特病）统筹的补偿比例差距。
（3）稳定补偿封顶线。依据本市城乡居民近年医疗支出增长实际情况，根据新型农村合作医疗专家指导组的建议，本市新型农村合作医疗住院补偿封顶线继续稳定在18万元。
在科学调整补偿政策的基础上，确保新型农村合作医疗保障水平稳步提升，促进全市参合人员住院统筹与门诊统筹的实际补偿率分别达到60%和40%阶段目标的实现。
二、全面强化综合管理，提高服务水平
（一）严格执行财务制度，加强基金监管
执行北京市财政局、北京市卫生局制定的《北京市新型农村合作医疗基金财务管理办法》（京财社〔2008〕2535号）等文件，从基金的筹集、拨付、存储、使用等各个环节着手，规范基金监管措施，确保各级财政补助资金及时、足额到位。合理设置新型农村合作医疗基金收入户和支出户，健全监管机制，加强对基金运行情况的分析和监控，确保专项基金安全运行。加强专项基金管理及使用的专业审计和稽查工作，建立健全防范贪污、挤占、挪用新型农村合作医疗基金的长效措施。
（二）切实加强机构监管，规范医疗服务行为
各郊区县卫生行政部门要加强对定点医疗机构服务行为的行政监管，将定点医疗机构做好新型农村合作医疗工作情况纳入日常工作考核指标体系，对出现的违规违纪行为要按照有关规定严肃处理。对定点医疗机构的检查、用药等行为进行严格监管，合理控制药品费用和大型设备检查。
经办机构要强化资料审核，并采取现场抽查、事后回访、网络监管等多种行之有效的方式，对医药费用发生的真实性、合理性进行认真复审，严格按照有关补偿规定实施补偿。
