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1、计划部门：组织制定突发公共卫生事件控制规划，把疾病预防控制和应急体系建设列入国民经济和社会发展计划；组织应急物资的生产、储备和调度，保证供应，维护市场秩序，保持物价稳定。
2、公安部门：对发生突发公共卫生事件的地区（单位）的社会治安迅速采取稳定措施。对疑似恶性刑事性事件要立即成立专案小组开展侦查处理。维持调查和抢救道路的交通秩序，确保处理抢救车辆畅通无阻。协助卫生行政部门做好流行病学调查，落实各项强制隔离措施。
3、安全生产监督管理部门：依法对生产经营单位执行有关安全生产的法律、法规和国家标准或者行业标准的情况进行监督检查；对检查中发现的事故隐患，应当责令立即排除。
4、工商部门：加强对食品生产经营单位监督管理；按照各级突发公共卫生事件应急领导小组的部署，配合做好工商户的停业、开业管理工作；依照本部门的职能配合做好调查处理工作，对有肇事责任的工商户依法追究行政责任。
5、环保部门：加强环境保护工作的监督管理，采取有效措施，防止在生产、运输或其他活动中产生的废气、废水、废渣、粉尘、恶臭气体、放射性物质以及噪声、振动、电磁波辐射等对环境的污染和危害。
6、宣传部门：做好对突发公共卫生事件新闻宣传报道的统一组织和管理，开展预防、治疗知识宣传，配合政府做好突发公共卫生事件处理的正面宣传，严禁发布不利于社会稳定的负面消息。
7、教育部门：负责做好学校、托幼机构突发公共卫生事件的预防和控制工作；积极开展学生卫生知识的宣传教育；按照各级突发公共卫生事件应急领导小组的部署，做好学校、托幼机构内部预防控制突发公共卫生事件各项管理工作。
8、财政部门：保证必要的经费支持，及时安排疾病监测、疾病控制所需经费，确保突发公共卫生事件处理所需设备、器材、药品、疫情处置等所需经费。
9、交通部门：督促运输单位落实各项预防措施；协助疏散人员、运送救援物资.
10、农业畜牧部门：负责做好农牧区突发公共卫生事件的预防和控制工作；积极开展农民卫生知识的宣传教育。
11、爱卫部门：大力开展爱国卫生运动，配合做好环境的清洁卫生、除四害和消毒工作。
12、民政部门：及时向生活困难的受害者发放救济款和救济物资，妥善安置孤幼老残人员，化解矛盾，维护社会稳定，并做好死难者的尸体处理和火化工作。
未提及的其他部门，也应按照本部门的职能，各司其职，各负其责，共同做好突发公共卫生事件的处理工作。
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