其收费办法如下：
（一）对批准捕捉、猎捕国家重点和自治区保护的，必须按本办法规定，向申请捕捉、猎捕者收费。
（二）对批准出售、收购、利用的国家一级保护野生动物或其产品，按其成交额的8％向供货方收费，对受货方不予收费，对批准出售、收购、利用国家二级保护野生动物或者产品，按成交额的6％向供货方收费，对受货方不予收费；对批准出售、收购、利用自治区重点保护野生动物或者产品，按成交额的5％向供货方收费，对受货方不予收费，对批准出售、收购、利用自治区一般保护野生动物或其产品，按其成交额的3％向供货方收费，对受货方不予收费。
（三）对以保护野生动物为目的的科学研究、资源调查或其他特殊情况，需要捕捉、猎捕国家重点保护野生动物和自治区重点保护动物及一般保护野生动物的，按其分互管理权限，经林业主管部门批准，酌情减免野生动物资源保护管理费。
（四）对动物园自行繁殖的野生动物或从野外捕捉已经缴纳过野生动物资源保护管理费的野生动物，在国内动物园之间，进行调剂交流时，免缴野生动物资源保护管理费。
四、捕捉、猎捕保护野生动物的，必须按照保护级别分别申请办理特许猎捕证和狩猎证，每核发一份特许猎捕证、狩猎证，收取工本费5元；驯养繁殖野生动物的必须申请办理驯养繁殖许可证，每核发一份驯养繁殖许可证，收取工本费10元。
五、非法经营利用野生动物或者其产品的，除依照野生动物保护法律、法规给予处罚外，还必须按本办法规定收费标准的二至五倍补收野生动物资源保护管理费。
六、自治区林业厅是野生动物主管单位。林业厅委托各市、县林业局、自然保护区收取本辖区内的野生动物资源保护管理费。国家一、二级保护动物收费交自治区林业厅，自治区重点保护动物及一般保护动物收费留所在地市县林业部门和自然保护区收取。
七、收费单位应向本级物价部门办理《行政、事业性收费许可证》，使用财政厅监制的统一收费票据。
八、野生动物资源保护管理费纳入预算内管理。收费收入必须全部由收费部门单位财务
统一核收、管理。按规定上缴本级财政，纳入预算管理，业务支出由本级财政核拨，不得坐支挪用，接受财政、物价部门的监督检查。
