三、关于股份合作制企业行政管理问题。《办法》第七条，“对股份合作制企业的经济社会等政府行政管理，由企业注册所在地的区、县人民政府及其所属有关部门负责，但依法由市有关部门行使的除外。”郊区镇（乡）村两级企业可由企业注册所在地的乡、镇政府或区、县人民政府及其所委托授权的有关部门负责。
四、关于职工参股比例问题。《办法》第九条，“非股东在职职工不得超过企业在职职工总数的10％”。农村集体企业在改制为股份合作制企业时，在职职工的参股比例要达到90％，以体现劳动与资本的合作。但是，有的企业职工入股困难或不愿入股，可灵活掌握，实行分步到位，在二至三年内使在职职工股东比例达到《办法》规定的要求，改制创立的第一年，在职职工股东不得少于企业在职职工总数的 70％。
五、关于集体资产占用费率的确定问题。《办法》第十四条。“-一资产占用费费率由国有资产管理部门和集体资产管理部门会同体改部门、财税部门确定。”在郊区镇（乡）、村企业中集体资产作为改制后企业借入资产的，其资产占用费费率，镇（乡）办企业由镇（乡）集体经济组织会同镇（乡）集体资产管理部门确定，村办企业由村集体经济组织确定。
六、关于在职职工持股总额问题。《办法》第二十一条，“股份合作制企业全体职工股东持股总额不得低于企业股本总额的51％；因股权转让而发生股份合作制企业全体职工股东持股总额低于企业股本总额 51％的情况时，由区县人民政府按规定审批。规定由上海市经济体制改革委员会会同有关部门制定。”在《办法》发布之前，已改制为股份合作制的企业，其企业全体职工股东持股总额低于企业股本总额51％的，要通过增资扩股等方式，在一至二年内使企业全体职工股东持股总额不低于企业股本总额的51％。对《办法》发布之后改制设立或发起设立的股份合作制企业，必须按《办法》规定执行。少数特殊企业如企业股本金总额较大，职工入股又有困难的，可适当放宽，在二至三年内使职工股总额占企业股本金总额51％以上。鼓励经营者、经营层入大股，但个人入股不宜达到绝对或相对控股程度。
七、关于职工最低持股额问题。《办法》第二十一条，“改制设立的股份合作制企业，职工个人入股的最低限额不得低于改制前上一年度企业职工个人平均工资总额。”镇（乡）、村二级集体企业改制设立股份合作制企业，职工个人入股的最低限额原则上不低于改制前上一年度企业职工劳均分配收入总额。
