（二）出口企业和供货企业在省内跨市州的，由市州局向省局反映，由省局统一协调解决；
（三）出口企业和供货企业跨省的，由省局负责协调，经督促仍未回函的，向总局反映。
第三章 回函的管理
第十条 函调管理人员收到函件后，应及时填制《出口货物税收函调核实通知单》（见附件四），经本部门负责人审批后，交基层分局进行调查核实，并建立相应的交接台帐。各个环节工作时限分别为1个工作日。
第十一条 基层分局收到《出口货物税收函调核实通知单》后，应指派两名以上的税务人员到供货企业所在地进行调查。调查内容包括：企业基本情况、生产场所及生产能力、应纳税款情况、进项税额情况、四小票进项税款抵扣情况、资金往来情况及涉税违规等有关事项。调查完毕后，填写《×××国家税务局关于调查核实出口货物税收有关情况的报告》（见附件五）和“供货企业虚开、伪造增值税专用发票填开情况表”并提供相关资料。整个调查、上报工作必须在12个工作日内完成。
第十二条 函调管理人员收到调查报告后，应在当日内送本部门负责人审核、分管领导审批。审批通过的，应填写《×××国家税务局关于调查核实出口货物税收有关情况的复函》（见附件六），并按照函调系统管理的要求进行处理；审核审批有疑问的，应责成基层分局重新调查。各个环节工作时限分别为2个工作日。
第十三条 对调查完毕的，函调管理人员应在收到来函后的1个月内按规定的要求回函。如基层分局因特殊情况导致退税部门不能按时回函的，函调管理人员也应在1个月内向来函单位说明原因及下次回函的具体时间，延长回函的时间一般不得超过3个月。延期回函的程序与正常回函的程序相同。
第十四条 回函地国税机关对函调涉及的企业特别是多次函调涉及的同一企业要纳入重点监控的范围。
第十五条 经调查核实，企业有欠税的，应及时追缴欠税；发现有涉税违规行为的，应按规定处理；发现有骗税嫌疑的，应及时移交稽查部门查处。
第十六条 回函的处理。退税部门在收到供货地国税机关回函后，应按照以下方式进行处理：
（一）回函无问题的，应以收到加盖公章的纸质回函作为办理退（免）税的依据，同时要与函调系统中电子函件的相关数据进行核对，核对相符的，方能办理此批出口货物退（免）税，核对有问题的，应进一步调查核实。
（二）回函确认供货企业存在下列情形之一的，不得办理出口退税，对已办理出口退税的，应追回已退税款。需要立案查处的，应及时移交稽查部门查处。
1、供货企业无生产能力的（生产能力包括供货企业自身的生产能力以及委托加工产品和外购产品，下同）；
2、该批货物增值税专用发票为虚开发票；
3、该批货物中非自产货物的购进业务不真实。
（三）对回函中的下列问题，应作为疑点进一步调查核实，在调查核实清楚以前暂不办理出口退税：
1、供货企业销售的全部货物与其生产能力明显不符的；
2、供货企业在回函前有虚开发票行为的；
3、供货企业增值税进项发票是虚假的；
4、供货企业欠缴增值税、消费税税款的；
5、其他需要进一步核查的情况。
对于存在上述第1至5项情形的，回函单位应在查处完毕后或供货企业补缴所欠税款后将有关情况及时函告发函单位。
第四章 其他
第十七条 出口退税函调系统在试运行阶段，发函必须采取纸质函与电子函同时使用；在函调系统正式运行后，不再邮寄纸质发函、延期函以及催办函。回函除电子回函外，必须回复纸质函件。退税部门在收到电子回函后，15日内仍未收到纸质回函的，应及时与出口货物供货方国税机关取得联系。所用纸质函件应以挂号信或特快专递邮寄，不得委托出口企业或非国税部门人员代为填写和邮寄函调文件。
