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发生疫情的县（市、区）卫生局在市卫生局救灾防病工作领导小组的统一指挥下，按照要求认真履行职责，落实相关控制措施：
立即派员赶赴现场调查，对灾害进行卫生学评估，预测可能发生的疫情及其他严重影响公众健康的事件，采取预防措施；积极开展灾区医疗救护，做好现场抢救、伤病员转运、设立临时医疗救护站（点），同时积极开展巡回医疗；抓好水源保护和饮水消毒，指导检查灾区饮水消毒措施落实情况，划定临时饮水水源区域，并做好水源保护工作，确保水源和饮用水的卫生质量，教育动员群众喝开水。洪水退后，指导各地及时组织对分散式和集中式饮用水水源和供水设施的卫生状况检修，加强对饮用水的消毒处理，定期进行水质检验；宣传教育广大群众，大力开展爱国卫生运动，搞好环境卫生，指导群众重点做好灾民居住场所消毒，垃圾、粪便等废弃物的处理，蚊蝇老鼠的杀灭工作；对灾区重点人群和高危人群实施有针对性的免疫预防接种，同时加强常规计划免疫接种；及时开展周边地区重点传染病的监测，加强对流动人口的疫情监测，防止疫情扩散。
3.3.3Ⅱ级响应
3.3.3.1响应条件
一个市级行政区域内发生洪涝灾害，符合下列条件之一的，市卫生局接到报告后立即进入II级响应，迅速启动市卫生局救灾防病工作领导小组工作机制。
（1）霍乱：在一个县（市、区）行政区域内发生，1周内发病9例以下。
（2）甲肝/戊肝病例：一周内，两个或以上县（市、区）级卫生行政部门分别报告发生5例及以上甲肝/戊肝病例。
（3）伤寒（副伤寒）：一周内，两个或以上县（市、区）级卫生行政部门分别报告发生5例及以上伤寒（副伤寒）病例，或出现1例及以上死亡。
（4）感染性腹泻：1周内，两个或以上县（市、区）级卫生行政部门分别报告发生20例及以上感染性腹泻病例，或死亡1例及以上。
（5）流行性出血热：1周内，两个或以上县（市、区）级卫生行政部门分别报告发生5例（高发地区10例）及以上流行性出血热病例，或者死亡1例及以上。
（6）疟疾：1个月内，两个或以上县（市、区）级卫生行政部门分别报告发现2例及以上当地感染的病例。
（7）钩端螺旋体病：1周内，两个或以上县（市、区）级卫生行政部门分别报告发生5例及以上钩端螺旋体病病例，或者死亡1例以上。
（8）流行性乙型脑炎：1周内，两个或以上县（市、区）级卫生行政部门分别报告发生5例及以上乙脑病例，或者死亡1例及以上。
（9）血吸虫：两个或以上县（市、区）级卫生行政部门分别报告：在未控制地区，以行政村为单位，2周内发生急性血吸虫病病例10例及以上，或在同一感染地点1周内连续发生急性血吸虫病病例5例及以上；在传播控制地区，以行政村为单位，2周内发生急性血吸虫病5例及以上，或在同一感染地点1周内连续发生急性血吸虫病病例3例及以上；在传播阻断地区或非流行区，发现当地感染的病人、病牛或感染性钉螺。
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