国库集中支付制度改革的基本原则是“三不变一改革”，即会计主体不变、资金所有权不变、资金使用权不变，改革资金的拨付方式。
二、基本运作程序
实行财政国库集中支付制度改革就是取消各预算单位原银行存款账户，建立国库单一账户体系，将所有的财政性资金统一纳入国库单一账户体系管理。在财政收入资金管理上，将原来的各预算单位设置“过渡户”分散缴库方式，改为直接或集中缴入国库或预算外专户；在财政资金支出管理上，将原“拨款”改为“清算”，实行“财政下达用款额度，预算单位根据用款计划按规定自行填制‘财政资金支付凭证’办理支付（可以提取现金和办理转账），代理银行先行垫付资金，后到人民银行办理资金清算，相互制约监督”的财政资金管理制度。最终实现预算单位、财政部门、代理银行、人民银行国库在网上操作，形成相互制约的事前财政性资金使用监督机制。
三、具体步骤步
财政国库集中支付制度改革按照“先易后难，分步实施”的原则进行，力争在年底前全面完成。分3个步骤实施：
（一）2005年5月1日前，首先选择市委、市政府、市人大、市政协、市纪检委、市财政局、市教育局、市少年宫、市人口计生委、市环保局、市重点项目办、市水政监察支队、市水利局、市农机局、市林果局、市经委、市盐政管理办、市劳动和社会保障局、市劳动监察大队、市旅游局20个单位实行改革试点。
（二）2005年末，在总结改革试点经验的基础上，力争在市本级预算单位全面推开。
（三）2006年年末前，将社保资金专户（财力安排的资金）并入国库单一账户体系。
四、职责分工
财政部门：为预算单位建立“零余额”账户；下达预算单位的部门预算；批复预算单位的分月用款计划；指导预算单位按照用款计划支付财政资金；负责为预算单位办理职工工资、政府采购等资金的直接支付；监督检查预算单位、代理银行的支付行为。
预算单位：按照部门预算编制分月用款计划；根据财政部门批复的分月用款计划，按支付进度办理本单位的支付业务；审核支付内容的合理性、合法性；开出“财政资金支付凭证”送代理银行办理支付；支付办理完毕后，进行会计核算。
代理银行：根据财政部门批复的预算单位分月用款计划，同预算单位的“支付凭证”核对后，先垫付资金，后到人民银行清算资金；监督检查预算单位支付的真实性、合理性；向财政部门反馈支付报表。
