五、加强对申请抵扣的农产品收购发票的审核。
1、加强对农产品收购价格的审核。对企业申请抵扣的收购发票，主管国税机关应将其收购价格与当期农产品市场价格和其他收购同类农产品纳税人的收购价格进行横向比较，如发现价格明显偏高，有意虚报收购价格的，不予抵扣进项税额。
2、加强对农产品收购数量的审核。主管国税机关要对企业每月申请抵扣的农产品收购数量与当地当期农产品的产量认真进行比较，结合企业销售数量、购进数量和库存数量以及付款凭证等情况进行总体把握，凡虚报购进数量的，要严肃查处。
3、加强对跨市县收购农产品发票的审核。企业跨市县收购农产品的，其开具的农产品收购发票必额经过收购地主管国税机关审核，并签署审柱意见，凡未经收购地王菅国税机关审核，并签署审核意见的，对该项进项税款，企业所在地主管国税机关不予抵扣。
4、加强对企业收购农产品付款情况的审核。企业购销农产品的业务，不论现金交易或银行结算，必须通过专门帐户结算。企业收购农产品，凡不通过专门帐户结算的，一律不得抵扣进项税额。
5、购进农产品取得的大面额增值税专用发票、普通发票进项税额3万元以上（含3万元）和农产品收购发票进项税额5千元以上（含5千元），必须经过协查，方可准予抵扣。
六、加强对经销农产品的企业销项发票的管理。
1、主管国税机关应定期对企业的销售和库存情况进行核对，防止企业瞒报销售收入。在检查企业库存情况时，如企业仓储地点设在异地的，企业仓储地点所在地国税机关应给予积极配合。
2、对销售额变动异常．销售数量较大的企业，主管国税机关应认真检查，防止企业虚开增值税专用发票凡填开增值税专用发票的销售金额与企业的实际经营能力和经营规模不相符、无实际交易而虚开代开增值税专用发票的，要严肃查处，并取消其增值税一般纳税人资格。
七、加强农产品经销企业增值税的日常稽查和征收管理。
1、主管国税机关应按照《增值税目常稽查办法》规定的内客和程序，结合本市县的实际情况，按一定时期分别确定各类产品的正常峰值。将销售变动率和产品税负率与正常峰值进行比较，发现异常的企业，应列为重点稽查对象，对其销售金额以及购进价格和数量进行严格检查。如发现企业故意隐瞒销售收入，或通过加大购进价格或数量虚报进项税额的，应严肃处理，并取消其一般纳税人资格。
