第十二条 同一水域兼有多类水环境功能区的，依最高水环境功能区的水环境质量标准执行。
第十三条 在水环境功能区内新设排污口的，应按照广东省《水污染物排放限值》（DB4426-2001）规定的标准执行。
第十四条 水环境功能区内有污染物排放的建设项目应设置水污染防治设施，其所需的资金、材料和设备，应与主体工程统筹安排，并与主体工程同时设计、同时施工、经验收达到要求后同时投产使用。
水环境功能区内的污染企业向水体排放污染物超过排放标准的，必须限期治理。逾期无法治理的，责令其停业或关闭。被限期治理的排污单位应作出防治计划并定期报告治理进度，市环保局应对限期治理项目进行检查和验收，并向市人民政府报告。
第十五条 向水环境功能区水体排放污染物的企事业单位须填报《排污申报登记表》，由市环保局根据总量控制指标核发《排污许可证》或《临时排污许可证》。严禁超过许可证规定的排污浓度、数量排放污染物。
第十六条 严禁在二类水环境功能区内新办下列企业：
（一）生产农药、铬盐、钛白粉、氟致冷剂的企业；
（二）漂染、电镀、冶炼、制革、化学制纸浆、拆船和氰化法提炼产品的企业；
（三）使用含汞、砷、镉、铬、铅为原材料的企业；
（四）设置油库和化工原材料堆放点的企业。
三类和三类以下水环境功能区在容量承受能力内，可适当考虑一些有污染的项目，但必须做好容量分配和总量控制。
第十七条 禁止向水环境功能区水体排放、倾倒、堆放、贮存和填埋下列物质：
（一）含汞、镉、砷、铬、铅、氰化物、黄磷等剧毒物品、废渣和农药；
（二）油类、酸液、碱液和剧毒废液；
（三）工业废渣、城镇生活垃圾和其他废弃物；
（四）含病原体污水。
第十八条 禁止在水环境功能区内清洗装贮过油类或有毒污染物的车辆、船只、容器。
