申请时须提交的主要文件资料是：
（一）申请人（单位或个人）的名称，法人代表或个人姓名、地址：
（二）占用的理由和目的；
（三）占用农业灌溉水源的，占用的水源及地点、占用量（包括年内各月占用的流量和水量）等；占用灌排工程设施的，占用的地点、范围、面积、数量等；
（四）占用的起始时间、期限及作业方式；
（五）补偿的方式（有偿占用或等效替代）；
（六）应当具备的其他事项。
第八条 从事生产、建设或者其他各项活动，造成农业灌溉水量减少和灌排工程设施报废或者失去部分功能的，生产建设单位或其他活动的主办单位必须事先经有管辖权的水行政主管部门批准后方可组织实施。
第九条 有管辖权的水行政主管部门应当在收到申请或征求意见的文件后60日内作出批复。
第十条 凡需发生占用行为的建设项目在立项时，必须附具有管辖权的水行政主管部门的批准文件，否则计划部门或建设项目的主管单位不得予以批准立项。
第十一条 占有农业灌溉水源、灌排工程设施三年以上的（含三年），占用者应当负责兴建与被占用的农业灌溉水源工程、灌排工程设施效益相当的替代工程。替代工程设计应由有资质的单位编制，经有管辖权的水行政主管部门批准后，占用单位方可组织实施。
第十二条 无条件兴建替代工程的，占用者占用三年以上的（含三年），应当按照新建等量等效替代工程设施的总投资一次性交纳占用农业灌溉水源、灌排工程设施开发补偿费（以下简称“开发补偿费”）。具体补偿标准为：
（一）凡占用农业灌溉水源的，除按规定交纳水资源费及水费外，日取水量每立方米的补偿标准分别为：
（1）在徐州市、连云港市境内不低于35元；
（2）在淮阴市、宿迁市、盐城市、扬州市、南京市、镇江市、常州市、无锡市境内不低于23元；
（3）在南通市、苏州市、泰州市境内不低于17元。
（二）占用农业田间小沟以下灌排工程设施的，开发补偿费的标准按所占农田面积计算，苏南地区每亩不低于1500元，苏中地区每亩不低于1000元，苏北地区每亩不低于500元。
