院（所）长是非营利性科研机构的法定代表人，执行理事会的决议，主持日常业务和行政管理工作，对理事会负责。
院（所）职工（代表）大会负责监督。
院（所）科学技术委员会负责对重大科学技术问题提出咨询意见。
第十一条 要进一步扩大和落实非营利性科研机构自主权。全面实行院（所）长负责制。副院（所）长由院（所）长提名，按规定程序报上级主管部门或理事会批准。在国家政策规定范围内，院（所）长有权决定内部机构设置并任免中层行政领导干部，报上级主管部门或理事会备案；有权制定院（所）内的人事管理制度、分配制度和奖励制度等。
第十二条 非营利性科研机构全面推行聘用制和人事代理制度；实行固定人员和流动人员相结合的双层人事制度，逐步使固定人员和流动人员的比例达到2：1；实行职务工资、课题工资和特聘补助相结合的分配制度；建立"开放、流动、竞争、协作"的管理和运行机制，使优秀的人才能进得来，骨干人员能留得住，分流人员能出得去。
第十三条 非营利性科研机构应执行事业单位的工资制度，实行工资总额包干；按岗位、任务、业绩定酬，其活工资在工资构成的比例可达40%。
第十四条 非营利性科研机构应当按照国家和省的有关规定参加城镇职工养老保险、基本医疗保险和失业保险。
第十五条 非营利性科研机构暂按科学事业单位的财务会计制度执行。其年度预算经主管部门审核汇总，报同级科技行政部门会同同级财政部门核定。
第十六条 非营利性科研机构属于科研单位，享受国家和省给予科研机构的所有优惠政策。
第十七条 根据国家有关规定，非营利性科研机构可享受以下税收优惠政策：
（一）非营利性科研机构从事技术开发、技术转让业务和与之相关的技术咨询、技术服务所得收入，凭所签技术合同经所在地科技主管部门认定，按有关规定到主管税务机关办理免征营业税和企业所得税审批手续。
（二）非营利性科研机构从事与科研技术无关的其他服务所取得的收入，如租赁收入、财产转让收入、对外投资收入等。应按规定缴纳各项税收；非营利性科研机构从事上述非主营业务收入用于改善研究开发条件的投资部分，即用于研究开发用房及其附属设备的构建、扩建、修缮和研究开发设备、测试仪器的购置及其修缮支出，经主管税务机关审核批准后，可抵扣其应纳税所得额，就其余额征收企业所得税。
