1.将清洁生产审核与建设项目环境影响评价制度相结合。凡属于纳入清洁生产审核计划的企业必须按计划积极组织开展清洁生产审核，否则各级环保部门不得审批其建设项目环境影响评价文件。
2.将清洁生产审核与限期治理制度相结合。凡限期治理企业必须同时进行强制性清洁生产审核，并通过评估和验收，否则视为未完成限期治理任务，并依法予以处罚。
3.将清洁生产审核与排污许可证制度相结合。通过清洁生产审核评估、验收的企业，其清洁生产审核结果可作为核准排污许可证载明的排污量的依据。凡属于应强制清洁生产审核的企业，如未完成清洁生产审核的，将不予核发排污许可证。
4.将清洁生产审核与城市环境综合整治定量考核制度相结合。将清洁生产审核年度工作任务完成情况纳入城市环境综合整治定量考核指标体系，逐年进行检查考核。
5.将清洁生产审核与污染减排工作相结合。凡未能按期完成减排任务的企业，一律实行强制清洁生产审核，强制实施清洁生产实施方案，确保企业按时完成减排任务。同时，将清洁生产审核工作任务完成情况作为考核各地主要污染物减排工作考核的重要内容，一并进行考核公布。
四、强化重点企业清洁生产审核的奖惩
1.对纳入湖北省“十一五”重点企业清洁生产审核工作计划的企业，凡拒不开展清洁生产审核、逾期不申请评估、验收或评估、验收为“不通过”的，省环保局和有关地方环保局应在地方主要媒体上公开曝光，责令其重新进行清洁生产审核、评估和验收，并依法予以处罚。
2.省级环保专项资金优先支持实施清洁生产审核的企业开展污染防治工作。根据《省人民政府关于加快循环经济发展的实施意见》（鄂政发[2006]18号），对应实施清洁生产审核而未按规定实施清洁生产审核的企业，各级投资主管部门在制定投资计划、安排企业发展基金时不予考虑，各级财政和环保部门在环境保护专项资金项目中对其申请的环保专项资金项目不予受理。今后，凡是纳入湖北省“十一五”重点企业清洁生产审核工作计划的企业申请省级环保专项资金，按计划应完成审核或实施清洁生产方案的，在提交申请材料时应同时提交环保部门评估、验收意见；按计划正在实施清洁生产审核的，应提交环保部门的相关证明，否则将不予受理其申请。
3.应实施清洁生产审核的企业申请上市或再融资环保核查的，在提交审核材料时，需一并提供清洁生产审核报告及评估意见。
