（一）对自开票纳税人的联运业务按差额征税，允许跨月抵扣，但要求企业必须建立台帐，分别登记每笔联运业务相关联的发票号码清单备查。
（二）对既不符合自开票纳税人条件，又不符合代开票纳税人条件，但实际从事了公路、内河货物运输劳务的纳税人由征管分局按“交通运输业”对其征收营业税，并按规定的带征率带征所得税及附加；纳税人要求开具发票的，向纳税人开具营业税通用发票，在“经营项目”栏注明“货物运输业”字样，不需填写《地税局代开货物运输业发票清单》。
（三）对从事非公路、内河货物运输劳务的纳税人，如管道运输、装卸搬运、搬家等，仍按原规定征税及供应发票。
（四）对仅从事货运代理而不从事货物运输劳务的纳税人，应就其实际取得的收入按“服务业”征收营业税。
（五）代开票纳税人实行“双定”征收方式，应按国税发〔2003〕121号文一律带征所得税及附加．
五、有关纳税地点问题
货物运输业的纳税地点应严格按照国税发〔2003〕121号文件《附件1》规定执行，即提供货物运输劳务的单位向其机构所在地主管地方税务局申报缴纳营业税；提供货物运输劳务的承包人、承租人或挂靠人，向其发包、出租或所挂靠单位机构所在地主管地方税务局申报缴纳营业税；其他提供货物运输劳务的个人向其运营车辆的车籍所在地主管地方税务机关申报缴纳营业税。
六、关于申报期问题
由于发票信息要在每月20日前传输到市国税局与国家税务总局，因此货运业自开票纳税人的营业税纳税期要调整到每月15日以前。
七、关于年审问题
新认定的纳税人当年不需年审。
八、11月1日后开出的运输业发票处理问题
（一）11月1-30日开出的运输业发票，如果取得运输发票的单位需要抵扣增值税的，可由承运单位补填取得运输发票单位识别号，并加盖“开票人专章”，同时补填《自开票纳税人货物运输业发票清单》或《地税局代开货物运输业发票清单》。
（二）对12月1日后开出的发票，开票人应在发票指定的位置填写取得运输发票单位识别号，并加盖“开票人专章”。
国税发〔2003〕121号文件从2003年11月1日起执行，凡此前规定与本文件不一致的，一律以本文件为准。
