中药出口面临一系列非关税贸易壁垒等障碍，如绿色壁垒、蓝色壁垒等技术壁垒，多年来出口增长缓慢。入世后关税的降低使国外产品的进口更加有利，对国内中药市场形成一定的冲击。
加入WTO后，药品分销市场全面开放 我国取消了对外资参与佣金及批发服务和零售服务的地域、股权、数量以及特许经营的所有限制，标志着国内医药市场全面竞争时代的到来。民营资本和国外资本的进入医药流通领域，对我国传统的药品批发、零售模式产生了重大的影响，推动了医药行业在药品采购、仓储配送、批发零售和售后服务等全方位销售服务领域管理水平的提高。
2、医药市场需求将持续旺盛。在国际医药市场总体继续发展的大环境下，随着我国经济水平、生活水平的不断发展和总人口持续增长、人口老龄化、城镇化的快速发展以及老年性疾病、病毒、传染病、精神病等患病增加，预计我国医药市场今后5年内将以15%左右的速度发展，到2010 年将达到7600亿元，成为继美国、日本、德国和法国等之后的世界第7大医药市场。未来五年，随着城乡居民消费结构进一步改善、消费质量的提升，特别是国家“两网”建设、农村新型合作医疗、农村医疗保险制度的推进，将促使农村市场份额大大增长。由于人们自我治疗、自我保健意识日益增强和城镇医疗保障覆盖面扩大及人人享有基本医疗保障的落实，我国的医药市场和非处方药（OTC）市场必将有更大的发展空间。较大的市场发展空间，新品种研发上市步伐的加速，将促进我国医药工业快速发展。
3、战略性并购重组将明显增多。随着政府鼓励外资并购、国内医药产业整合、国有医药经济战略性重组、资本证券市场法律法规完善，战略并购渐成为医药行业的主流并购模式。外资和民营资本对国有医药企业并购重组比重将明显上升，医药行业龙头企业和上市公司、医药流通业和原料药将成为医药行业的重组重点。企业并购、重组将促使医药产业两极分化日趋明显，生产集中度和经济效益集中度进一步提高，股份制经济比重将进一步加大。
4、产业结构将进一步优化。从制药业各子行业看，化学制药在我国医药工业发展中仍占主导地位，化学原料药大国的地位进一步得到巩固，加快承接跨国制药公司化学原料药生产转移，专利保护到期的药品得到较快发展；中药现代化水平不断提高，中药国际化程度不断深化；生物制药产业化水平较大提升；医疗器械市场前景广阔，需求持续增长，但还将以进口为主。现代医药物流加快发展，零售市场份额提高，医院药房作为销售渠道地位将逐渐下降，总经销、总代理、连锁经营扩大。天然药物和生物药物的份额将扩大。重复建设现象将得到抑制。
5、生物医药将快速发展。后几年是我国生物制药发展关键时期，国家将研究制定现代生物技术产业政策，加大对生物制药产业化和规模化发展的支持力度，预计具有我国自主知识产权的生物工程药物开发将取得显著成果，将有10～15种新的生物工程药物投放市场，其中部分将进入国际市场，与国际先进生物制药的差距将进一步缩小。
6、产业集聚趋势增强。近几年各地区纷纷借鉴国外医药工业发展的成功经验，走园区化发展道路，对园区内基础设施、物流设施、三废处理设施、交通运输、信息通讯设施和供热、供汽、供水、供电等公用工程，进行统一规划和开发建设，降低项目建设和经营成本，营造招商引资和承接产业转移的环境，今后我国医药工业走园区化发展模式继续得到巩固和发展。同时，为充分利用和发挥区域优势，实现节能增效、资源互补和强强联合，通过政府政策引导，以产品为纽带的联合、合作将越来越多，产业集群化步伐加快，聚集效应进一步显现。
三、我省医药行业发展的指导思想和发展原则、目标
（一） 指导思想
以党的十六届五中全会精神为指导，牢固树立和落实科学发展观，紧紧围绕建设对外开放、协调发展、全面繁荣的海峡西岸经济区的战略构想，以市场为导向，以政策为保障，以人才为支撑，充分利用国内外两个市场、两种资源，加强产学研结合，不断调整优化产品结构，积极构筑医药创新体系、现代医药产业体系、现代医药流通体系，重点发展产业公共及关键技术平台、生物医药产业基地（园区），推动我省医药产业集聚式、可持续、跨越性特色发展。
（二） 发展原则
1、坚持产业特色发展，推进优势领域重点突破。根据医药产业的比较优势，集中有限资源，重点在基因工程药物、疫苗及新型诊断试剂、现代中药及天然药物、化学原料药及中间体、药物新型制剂等领域实现突破，加强保护、培育核心技术和自主品牌。
2、坚持政府引导与市场导向相结合，促进产业集聚发展。充分发挥市场在资源中的基础性配置作用，同时加强产业政策和宏观引导，推进改革，科学规划，加大投入，改善产业园区基础设施条件，集聚国内外技术、资金、人才、信息，大力吸引国内外大型制药企业投资。
3、坚持自主创新和引进消化吸收相结合，完善创新体系。通过体制创新，资源整合，协调产学研关系，建立从基础研究、应用研究、中间试验到产业化的创新体系。积极开展高水平的生物医药高端研究，着力推进源头创新和原始性创新，努力开发具有自主知识产权的技术和产品，形成自己的核心技术和关键共性技术以及节能型、环保型的技术。同时积极争取与国外大企业及跨国集团高位嫁接，有选择的引进一批高精尖大项目和关键技术设备，缩小与发达国家的差距，做好引进技术的消化、吸收工作，推动自主创新，逐步实现以仿为主向仿创结合、自主创新转变。
4、坚持以人为本，提高规范化和国际化水平。以满足人民群众健康保障和市场需求为导向，加强生物医药研发和市场拓展工作。全面推进GMP、GSP、GLP、GCP、GAP认证，提高产业技术装备水平；加快生物医药临床、生产、销售的国家标准化进程，努力争取名优品牌，加强国内市场的深度开发。认真研究掌握国际标准和国际贸易规则，把产品推向国际市场，参与国际竞争。
5、坚持抓大与促小相结合，壮大产业规模。促进资金、技术、土地、人才向优势企业集中，着力扶持一批具有规模优势的大型医药企业，提高产业核心竞争力；大力培育高技术中小企业，形成在重点核心领域具有一定竞争力的小巨人。
6、坚持区域协调发展。紧紧围绕建设海峡西岸经济区总体战略布局，以福州、厦门为核心区，以三明、莆田、泉州、南平、宁德、漳州、龙岩为重点和扩展区，加强资源整合、公共平台集约利用、产业关联性集聚和幅射带动作用，推动在生产、研发、营销、人才培养等方面建立战略联盟，加快推进医药区域经济协调发展。
7、坚持可持续发展。着力发展循环经济，按照减量化、再利用、资源化的原则，全面推行清洁生产，形成低投入、低消耗、低排放和高效率的节约型增长方式。
（三） 发展目标
1、总体指标。“十一五”期间，我省医药产业将通过增强创新能力和促进产业集聚，以化学制药、中成药为主导，以现代生物制药、医疗器械为突破，以现代医药商业物流发展水平的提升为支撑，实现产业结构优化，医药经济总量快速扩大。到2010年，我省医药行业总体经济目标是：
