3.汇算清缴期结束后，纳税人自查查增的所得额，不得用于弥补以前年度的亏损，不得作为计提计税工资、计算公益性、救济性捐赠、计划生育奖励等基数。
4.纳税人申报年度企业所得税后，在汇算清缴期内和汇算清缴期结束后自查发现的问题，应及时向经管税务机关填报《年度企业所得税自查申报表》（表式附后）并清缴应交税款和滞纳金。
（四）纳税检查面
企业自行申报或委托申报年度企业所得税后，税务机关即转入检查阶段，对上年度纳税检查面一般不得低于30%（其中，汇算清缴期内的重点检查面由各单位根据本单位实际情况确定），各单位务必须对企业的收入、成本费用等环节查深查透，对未检查的企业，税务机关保留检查的权力，可以在以后年度进行。
（五）纳税人在税务机关开展纳税检查中被查出问题的处理
1.查出企业应计未计、应摊未摊、应提未提的扣除项目，视为企业对权益的放弃，不得补计、补摊、补提，因此而形成的企业所得税，不属于《征管法》规定的“纳税人超过应纳税额缴纳的税款”的范围。但考虑到企业的实际情况，1998年以前企业应计未计、应摊未摊、应提未提的扣除项目，报主管税务机关批准，允许在1998年度的汇算清缴期内扣除。
2.对查增所得额的处理：
（1）对查出盈利企业减免税期间的问题，要按查增的所得额乘以法定税率计算出的税额为依据，处以五倍以下的罚款；属于减税的企业还要按查增的所得额乘以法定税率再乘以征收比例计算补税和加收滞纳金。
（2）在2001年5月1日前对查出企业虚报亏损的处理：
①如果企业虚报亏损，经主管税务机关按《征管法》有关规定认定其为偷税的，并且在检查调整后有盈余的，按虚报的亏损及少计所得额乘以法定税率计算出的数额为依据，处以五倍以下的罚款；盈余（即所得部分）按法定税率补税，并加收滞纳金。
②如果企业虚报的亏损已用以后年度的应纳税所得额进行了弥补，按已弥补的亏损额乘以法定税率计算补税，并处以五倍以下的罚款和从弥补亏损月份纳税期满的次日起加收滞纳金。
③如果企业同时存在上述①、②的情况，罚款按第①点处理，补税和加收滞纳金分别按①、②的方法办。
④ 如果多报亏损的企业属享受减免税待遇期内的，对其罚款分别按上述①、②、③点的规定办，补税和加收滞纳金只就其征收比例部分计算。
（3）在2001年5月1日后对查出企业虚报亏损的处理：
