*注：本篇法规中“海关完税凭证”已被《广东省国家税务局转发国家税务总局关于修改若干增值税规范性文件引用法规规章条款依据的通知》（发布日期：2009年4月22日 实施日期：2009年4月22日）修改广东省国家税务局关于增值税一般纳税人实行电子申报有关问题的通知
（粤国税函[2005]86号 2005年3月24日）
广州、各地级市国家税务局：
企业电子报税管理系统从2004年1月1日起开始在我省增值税一般纳税人使用，随着增值税税收业务需求的不断变更和调整，为进一步规范增值税扣税凭证管理，并有利于进行“一窗式”票表稽核比对，根据国家税务总局有关规定精神，我省对企业电子报税管理系统进行了修改完善。现就一般纳税人实行电子申报有关问题明确如下：
一、辅导期一般纳税人实行“先比对，后扣税”管理。按照《
国家税务总局关于加强新办商贸企业增值税征收管理有关问题的紧急通知》（国税发明电[2004]37号）规定，纳入辅导期管理的一般纳税人商贸企业（以下简称辅导期企业），取得的专用发票抵扣联（包括税务机关为小规模纳税人代开专用发票）、海关进口增值税专用缴款书、废旧物资普通发票以及货物运输发票要在交叉稽核比对无误后，方可予以抵扣。辅导期企业当月取得上述扣税凭证，应通过企业电子报税管理系统采集并生成待比对文件（详见企业电子报税管理系统申报表附列资料表六），其中专用发票须先到主管国税机关进行认证，认证相符的专用发票抵扣联在附列资料表三反映。
所有待比对数据应在《增值税纳税申报表》附列资料表二的“待抵扣进项税额”部分有关栏目反映。待抵扣的进项税额生成报税盘后，连同其它申报资料一并向主管国税机关申报。稽核比对结果属“相符”的以及经审核检查后确认为技术性错误的（包括录入错误、已申报但漏采集、漏传递、错报为失控或作废发票等），由主管国税机关将上述可抵扣数据返回辅导期企业在下期进行申报抵扣。
二、留抵税额抵减欠税的管理。根据《
国家税务总局关于增值税一般纳税人用进项留抵税额抵减增值税欠税问题的通知》（国税发[2004]12号）规定，纳税人发生用进项留抵税额抵减增值税欠税（包括滞纳金）时，应由纳税人提出申请，县（含）以上税务机关按规定填开《增值税进项留抵税额抵减增值税欠税通知书》（国税函[2004]1197号所附格式，以下简称《抵欠通知书》），纳税人通过企业电子报税管理系统录入《抵欠通知书》有关信息，相应调整所属月份的申报表主表第13栏“上期留抵税额”和第25栏“期初未缴税额”。
