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市发改委：负责紧急防疫物资储备、调运等基础设施建设的计划转报及安排。
市财政局：负责安排动物防疫经费和紧急防疫物资储备所需应急资金。
市公安局：负责协助做好疫区封锁、疫点内病畜（禽）及规定扑杀易感动物的扑杀，加强疫区社会治安管理和安全保卫工作。
泸州出入境检验检疫局：负责做好出入境动物及动物产品的检验检疫工作，防止疫病的传入传出；及时收集、分析境外突发重大动物疫情信息并及时向应急指挥部报告有关情况；依法做好应急物资的储备和保障工作，参与制订突发重大动物疫情处置的相关技术标准，参加涉及进出口突发重大动物疫情的处置工作。
市民政局：负责对受灾群众的生活救助。统一组织开展突发重大动物疫情的社会捐助工作，负责接受、分配社会各界捐助的资金和物资，做好款物管理和发放工作。组织和动员社区、村委会力量参与群防群控。
泸州质量技术监督局：负责依法确保应急物资的产品质量（有相关法律法规指定管理部门的产品除外），参与制订突发重大动物疫情处置的相关技术标准。
泸州食品药品监督管理局：负责动物源性食品安全综合监督、组织协调职责，依法组织对动物源性食品重大事故查处。
市商务局：负责屠宰厂（点）的管理，配合畜牧部门做好检疫工作；发生突发重大动物疫情期间，负责做好生活必需品市场供应工作，维护市场秩序。
市工商局：负责做好疫区、受威胁区内的动物及动物产品交易市场监管工作；协助兽医部门搞好动物防疫监督和按指挥部的要求关闭疫区交易市场；查处取缔非法经营畜禽及其产品的行为。
市林业局：负责组织开展陆生野生动物的资源调查和观测，组织专家分析和提出有关陆生野生动物的分布、活动范围和迁徙动态趋势等预警信息；组织开展陆生野生动物疫源疫病的监测工作；发生野生动物疫情时，会同有关部门快速采取隔离控制等措施。
市体育局：负责全市信鸽资源调查和观测，协助市畜牧局组织开展对信鸽的监测工作。
通信公司：负责做好突发重大动物疫情应急处理工作的通信保障工作。
市武警支队：负责组织武警部队参与突发重大动物疫情的应急处理行动，配合有关部门参与做好疫区封锁、疫点内动物的扑杀工作。
泸州军分区后勤部：负责做好本系统突发重大动物疫情的应急处理工作。
交通、铁路、民航部门：配合有关部门搞好进站和道路运输动物及产品的消毒；优先运送突发重大动物疫情应急处理人员、防治药品、器械等应急物资和有关样本，防止疫病扩散。
其他有关部门和单位根据本部门职责和突发重大动物疫情应急处理的需要，在指挥部的统一调度下组织做好相关工作。
市动物重大疫病防制指挥部办公室设在市畜牧局，市畜牧局分管局长兼任办公室主任。负责按照指挥部要求，具体制定防治政策，部署扑灭重大动物疫情工作，并督促各县（区）和各有关部门按要求落实各项防治措施。
2.2日常管理机构
市畜牧局负责全市突发重大动物疫情应急处理的日常管理工作。其主要职能是：依法组织协调有关突发重大动物疫情应急处理工作；组织提出有关突发重大动物疫情应急处理的措施；完善重大动物疫情监测和预警系统；制订突发重大动物疫情应急预案，组织预案演练；组织对兽医专业人员进行有关突发重大动物疫情应急知识和处理技术的培训，指导各县（区）实施突发重大动物疫情应急预案。
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