省财政厅制定工程项目资金管理办法，按工程实施进度拨付资金，负责工程建设过程的资金监管，审核工程财务决算等。
省农牧厅负责农村能源建设工程、后续产业中涉及农业产业等项目的设计审查、审批、组织验收等。
省水利厅负责基本口粮田建设，负责项目的设计审查、审批、组织验收等。
省林业局负责补植补造、后续产业涉及林业产业发展的工程内容、直补资金发放等。负责项目的设计审查、审批、组织验收等。
第六条 规划区36个县（市、区、行委）和省三江集团、省监狱局相应成立项目办公室，项目办公室为项目业主，对本级政府（集团、局）负责。
项目区州（地、市）人民政府要加强对本地项目实施工作的指导、监督、协调和服务。
第三章 项目编报与审批
第七条 省级主管部门根据《规划》实施步骤、工程计划实施情况，于上一年度十一月底前提出本部门负责组织实施工程的年度投资建议计划，提交省退耕还林工程管理办公室，经省退耕还林工程管理办公室汇总后，提交省发展改革委审定，并报国家发展改革委申请年度建设投资。
第八条 国家发展改革委年度投资计划下达后，省发展改革委要及时下达年度建设计划，省财政厅根据建设计划下达年度建设资金。省农牧厅、林业局、水利厅共同委托相应资质的咨询、设计单位编制年度工程实施方案，报送省发展改革委，省发展改革委负责对年度工程实施方案进行审查、批复。
项目区各县依据批准的实施方案，委托相应资质的咨询、设计单位编制项目作业设计或施工设计，由省级主管部门按照规定权限审查、批复。
第四章 工程组织与实施
第九条 工程年度计划和实施方案批复文件一经下达，各相关地区和部门必须严格按照批复的建设地点、内容、规模及投资概算编制工程作业设计，作业设计不得擅自变更和调整。如因特殊情况确需变更的，必须由实施方案审批单位批准。
第十条 各项目县和省三江集团、省监狱局要按照批复的工程作业设计组织施工，不得擅自变更建设地点、规模、标准和建设内容。
