第六条 实施污染物排放许可证管理的基本程序是：排污申报登记；排污审核；核发排污许可证；证后监督管理；年度复审。
第二章 排污申报登记
第七条 排污者应按照国务院环境保护行政主管部门的规定，在规定期限内依法向所在地县级以上地方人民政府环境保护行政主管部门申报登记，填写《全国排放污染物申报登记表》，提出削减污染物排总量的保证措施、并提供有关资料。
第八条 新建、扩建、改建项目，应当在项目试生产前3个月内办理排污申报手续。在城市市区范围内，建筑施工过程中使用机械设备，可能产生环境噪声污染的，施工单位必须在工程开工15日前办理排污申报手续。
第九条 排污者排放污染物的种类、浓度、数量需作重大改变或者排放方式、排放去向发生改变的，排污者必须在变更前15日内向原办理申报登记的环境保护行政主管部门办理变更登记手续，填报《排污变更申报登记表》。发生紧急重大改变的，应在改变后3日向原办理申报登记的环境保护行政主管部门办理变更登记手续，填报《排污变更申报登记表》。需拆除或闲置污染防治设施的，应提前30天申报。
第三章 排污审核与排污许可证发放
第十条 省、市（州）、县（市、区）环境保护行政主管部门按管理权限对排污者填报的《全国排放污染物申报登记表》、《排污变更申报登记表》进行审核，确定其实际排放污染物的种类、浓度、数量以及排放方式、排放去向。
第十一条 省、市（州）、县（市、区）环境保护行政主管部门根据国家和地方的污染物排放标准、环境容量和污染物总量控制指标，核定排污者的允许排放污染物的种类、浓度、数量以及排放方式、排放去向。
第十二条 排污者在完成排污申报登记后应向办理申报登记的环境保护行政主管部门申请领取排污许可证，并填写《排污许可证申请表》。
环境保护行政主管部门在收到《排污许可证申请表》后15个工作日内依据审核结果，给申请排污者核发排污许可证或者临时排污许可证。
