第十二条 增值税申报稽核要切实加强对纳税人报送的纳税申报资料进行稽核，征收所在受理纳税申报时，重点稽核以下主要内容：
1、纳税人是否按期申报纳税；
2、纳税申报资料是否齐全；
3、申报抵扣的增值税专用发票抵扣联和扣税凭证是否符合规定，票面填写是否规范，项目是否齐全；
4、《增值税纳税申报表》内之间的数据是否对应，内容是否一致，逻辑关系是否相符；
对纳税申报资料齐全，数据填写齐全的，按规定签收。对申报资料不全及数据填写不齐全，当场填制《限期补正通知书》（附件1）要求纳税人限期补正。
对逾期未申报的纳税人，应转管理所催报摧缴。
第四章 专用发票稽核
第十三条 专用发票稽核是指对防伪税控专用发票进行认证，对各种扣税凭证进行稽核。
（1）对手工版专用发票抵扣联和其他扣税凭证进行票面稽核。
一是检查扣税凭证的真伪；
二是检查扣税凭证票面内容的填写是否正确，实用税率是否符合规定，税额计算是否正确；
三是检查扣税凭证项目填写是否齐全。
（2）对上述手工版扣税凭证，符合要求的应加盖"已申报抵扣"戳记，发现不符合要求的应加盖"不予抵扣"戳记，对有疑点的，应填制《增值税待查对象（特急）通知书》（附件2）交领导审阅后，传递管理所进行二级稽核，并将有关情况报流转税管理部门；发现涉嫌假票或虚开嫌疑的，应填制《增值税待查对象（特急）通知书》交领导审阅后，移送稽查部门进行检查，并将有关情况报流转税管理部门。
（3）对防伪税控系统开具的专用发票抵扣联进行稽核。
对防伪税控系统开具的专用发票抵扣联的稽核，按照先认证、后申报、再抵扣的原则进行，对防伪税控认证系统发现的"无法认证"、" 认证不符"、"密文有误"、"重复认证"、"纳税人识别号认证不符"等涉嫌违规发票一律不得作为增值税进项税额的扣税凭证，并严格按金税工程防伪税控的有关规定处理。
第五章 一般稽核
第十四条 一般稽核是对逾期未申报的纳税人有关情况进行稽核。管理所在申报期结束后及时打印逾期未申报增值税纳税人清单，向未申报纳税人发出《责令限期改正通知书》（附件3）进行催报，限期改正；
