第五条 “寄宿制工程”专项资金必须用于政府部门举办的、符合布局调整规划要求的、单独设置的义务教育阶段的农村（含县镇）寄宿制学校（含职业初级中学和特殊教育学校）。
第六条 “寄宿制工程”专项资金用途：（1）项目学校主要建筑的建设、改造，优先保证教学用房、学生生活服务用房和教学辅助用房；（2）在优先保证课桌凳、学生用床及学生基本生活设施配置的前提下，可配置适量的图书及教学仪器设备。
中央专项资金相对集中使用，原则上每所项目学校只安排一种来源的资金。
第七条 为确保“寄宿制工程”土建项目顺利实施，项目学校土建资金支出不应低于总投资的90％；土建资金中中央专项资金所占比例不低于90％。
第八条 “寄宿制工程”专项资金的使用应优先保证解决新增中小学最基本的学习、生活条件，其次解决现有条件较差的寄宿制学校和不具备寄宿条件而有必要实行寄宿制的学校办学条件的改善；应先配备办学基本设施，其次配备辅助设施。
第九条 “寄宿制工程”专项资金要与“国家贫困地区义务教育工程”、“农村中小学危房改造工程”和世界银行贷款“西部地区基础教育发展项目”、边境建设大会战、东巴凤三县建设大会战等资金相互衔接，统筹安排，避免重复投资。确需对已有上述项目学校安排“寄宿制工程”资金的，要从严把握建设内容，并重点用于寄宿学生用房的建设和改造。
第十条 “寄宿制工程”专项资金实行专户储存、专户管理、专项核算。“寄宿制工程”专项资金不能顶替市、县政府对当地教育应有的投入，更不得用于偿还过去拖欠的工程款和其他债务。
（一）专户的设置
“寄宿制工程”专项资金专户设在项目县（市、区），由项目县财政部门、教育部门分别在银行开设“寄宿制工程”资金专户。为便于管理，各地不必开设新的资金专户，可继续使用“国家贫困地区义务教育工程”资金专户，实行分账核算。项目县财政专户反映“寄宿制工程”资金来源，中央专款、自治区配套、项目县配套资金必须纳入财政专户管理。教育专户核算、反映“寄宿制工程”资金支出情况。
“寄宿制工程”结束后，财政、教育专户相应取消。
