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现有二级医院31所，其中省属1所，市属6所，区县属15所，军队2所，企业等其他二级医院7所。31所二级医院中，市、区、县政府举办的保留18所，其中市属4所，六合、浦口、江宁区各3所，高淳县、溧水县各2所，白下区1所（市红十字医院）；省级机关医院、市胸科医院、市中西医结合医院按照三级医院规划或管理；其他政府举办的二级医院全部转型为社区卫生服务中心；加强江宁区人民医院、浦口区中心医院、六合区人民医院、溧水县人民医院和高淳县人民医院的建设，到2015年底各医院床位规模扩大至500张。企业等其他二级医院原则上不再扩大规模，可以保留二级医院建制，也可以根据社区卫生服务机构设置规划转型为社区卫生服务中心。除鼓楼区外的12个区县、城市新区、医疗资源薄弱地区各可以新增1-2所二级医院或相当于二级规模的医院。
3）一级医院
2015年前，玄武、白下、秦淮、建邺、鼓楼、下关、雨花台、栖霞8个区除学校、企事业单位为内部职工、学生等设置的医疗机构外，不再新设置其他一级医院或相应规模医院。现有的一级医院及相应规模医院可以保留建制，也可以根据社区卫生服务机构设置规划转型为社区卫生服务机构。
4）专科医院
全市现有各类专科医院39所，其中19所公立专科医院，在规划周期内原则上不做大的调整，以加强服务能力建设为主，设置规模则根据疾病谱的变化作适当调整。加强南京市第二医院（传染病医院）的建设，在保证日常传染病诊治需求的基础上，应预留一定的医疗资源，保证传染病暴发流行时的应急救治能力。为适应2010年后的人口生育高峰，应适当加强儿科、妇产科建设，在加强市儿童医院、市妇幼保健院建设的基础上，在江北地区、江宁区、东部地区现有医疗资源的基础上通过技术合作、指导等形式分别设置1所市儿童医院分院或儿童医疗服务中心，并通过加强综合医院的儿科、妇产科建设，以适应住院分娩和儿科医疗服务需求的增长，同时，考虑到居民医疗服务的可及性和未来南京区域发展与人口分布的特点，新增的儿科、妇产科病房将主要在江北地区、仙林地区、江宁地区。鼓励其他二、三级综合性医院加强儿科和妇产科建设。加强南京脑科医院、南京市口腔医院建设，不断提高其医疗技术服务能力。
5）中医医院、中西医结合医院
以提供传统医学服务为主，与同级别的西医综合医院共同承担疾病诊治任务。省中医院、省中西医结合医院、省第二中医院、市中医院、市中西医结合医院、浦口区、江宁区、六合区、高淳县、溧水县中医院继续承担中医院、中西医结合医院的职能，加强市、区、县中医院、中西医结合医院建设，不断提高其医疗技术服务能力。保护具有中医特色的中小型医疗机构。转型为社区卫生服务中心的中医院开展以中医特色为主的综合性社区卫生服务，按社区卫生服务机构的标准建设，适应社区居民对中医医疗服务的需求，并探索中医进社区、中医医疗机构承担社区卫生服务的可行途径。
（2）社区卫生服务机构
社区卫生服务机构的设置规划作为整个医疗机构设置规划的子规划，已另行制定。
（3）门诊部、医务室、卫生室（所）、诊所等
2015年前，玄武、白下、秦淮、建邺、鼓楼、下关、雨花台、栖霞8个区除学校、企事业单位为内部职工、学生等设置的医疗机构外，不再新设置其他门诊部、医务室、卫生室、诊所或相应规模医疗机构。现有的相应规模医疗机构可以保留建制。
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