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新设置的医疗机构原则上为以下类别：二级医院或相当于二级规模的医院，社区卫生服务机构，100张床位以上的护理院，学校、企事业单位为内部职工、学生等设置的医疗机构（新增机构不得对外开放）。严格控制其他类别医疗机构的设置。
新设置的医疗机构首先考虑以下专科服务范围：老年病、老年护理、康复、临终关怀以及有技术特色的、社会需求明显的专科。
新设置的医疗机构首先考虑在资源发展区以及城市新区设置。除城市新区与医疗资源薄弱地区可以设置综合性医院外，其他地区原则上不再设置综合性医院。同一区县内已有相同类别与规模的医疗机构原则上不再重复设置。鼓楼、秦淮、白下、栖霞、下关、玄武、建邺和雨花台8个区区域内相同类别与规模的医疗机构原则上不超过4所。
（三）医疗资源配置标准与布局
南京市地理特点是东西较短而南北狭长，这种地理分布特征决定了在医疗机构设置规划时，既要考虑总体的卫生资源配置量，也应考虑区域地理分布特点，兼顾卫生资源配置的平衡，以提高居民卫生服务公平性。
在对南京地区常住人口数量变化趋势预测的基础上，考虑到与南京市国民经济和社会发展规划的衔接，综合分析人口年龄结构的变化、疾病谱的结构转变、医疗服务提供模式的逐步合理化（计划到2015年居民对社区卫生服务机构的门诊利用占到全市门诊总量的近70%），以及全市人口出生率在2010年后将会出现一个小高峰期，儿童人口数将从目前的81万增加到2015年的102万等，综合运用趋势外推法、人口比值法和卫生需求法确定配置标准，对医疗服务需求进行科学预测，同时关注老年、妇女和儿童等重点人群的健康需求和相应重点专科的建设。
1、病床设置
2015年，全市医疗机构病床数按常住居民每千人口3张的标准配置，考虑到省会城市的辐射能力，外地人口门诊、住院服务利用情况，按占总服务量的25%估计，即按常住人口数计算的千人口床位将达到3.75张。根据《南京市“十一五”人口和计划生育事业发展规划》，2015年南京市总人口数预计将达到860.3万，则2015年床位需要总量为32261张，比2007年26157张增长23.3%。医师、护士的配置相应达到各级医疗机构设置标准，满足临床医疗需求。
2、医疗机构设置
（1）医院
1）三级医院
功能：是区域性医疗服务中心，既是南京市区域医疗服务中心，也是全省医疗服务中心，承担疑难危重病的诊治、高等医学教育、科研等任务，医、教、研结合，建设好重点学科和相关学科群，提高医疗技术服务水平，对下级医疗机构进行技术指导。
设置：27所。
南京地区现有三级医院19所，其中综合医院8所，专科医院7所，中医院3所，中西医结合医院1所；按照三级医院管理2所（江苏省省级机关医院、南京市胸科医院）。对于现有三级医院除市儿童医院、市妇幼保健院外原则上不再扩大规模。2015年前增设8所三级医院，其中综合医院4所，分别在仙林大学城区、河西地区、江宁区和江北地区；专科医院3所，中西医结合医院1所，由现有相关医院建设而成。
2）二级医院
功能：以提供综合性医疗和专科服务为主。其中江宁区人民医院、浦口区中心医院、六合区人民医院、溧水县人民医院和高淳县人民医院是区域内医疗服务中心，对区域内的医疗机构承担人员培训和技术指导任务，并承担一定的教学、科研任务。
设置：35-40所。
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