（一）对达到清算条件且实行查账征收的房地产开发项目纳税人，必须按照《
中华人民共和国土地增值税暂行条例》及其实施细则和《国家税务总局关于房地产开发企业土地
增值税管理有关问题的通知》（国税发[2006]187号）的规定，依照转让房地产所取得的收入减除规定扣除项目金额后，计算其土地增值率，并按适用税率计算应缴的土地增值税。
（二）对达到清算条件而未清算但又无法准确提供扣除项目金额的房地产开发项目纳税人，实行按核定征收率征收土地增值税。征收率由市局组织对不同年份有关开发项目进行评估测算，定出各年份最低征收率后下达各单位执行。
（三）对无账可查又无法提供真实经营收入的房地产开发企业，其土地增值税实行核定征收。收入额和征收率可参照当地当年同类房地产的市场价格和土地增值税税负情况，按不低于预征率的征收率核定征收土地增值税。
（四）对隐瞒收入被查处或在2007年6月30日前未进行自行清算和未向税务机关如实申报的纳税人，计征土地增值税时，可参照上述清算方式的第（三）项确定其经营收入额、土地增值额，依适用税率计算其应纳土地增值税，并严格按《
中华人民共和国税收征收管理法》有关规定进行处罚。
（五）房地产开发项目同时包含普通住宅和非普通住宅的，应分别计算增值额。市区中心城区普通住宅标准执行时限为：交易时间在2000年之前的，按《关于土地增值税若干问题的批复》（汕府函[95]90号）规定执行；交易时间在2000年1月1日至2005年5月31日的，按《关于私有住宅转让的土地增值税征免政策问题的通知》（汕地税发[2000]52号）规定执行；交易时间在2005年6月1日以后的，按《关于我市普通住房标准的通知》（汕房产[2005]44号）规定执行；潮阳区、潮南区、澄海区和南澳县按当地标准执行。
（六）纳税人按上述土地增值税清算方式计算土地增值税，可以相应扣减原已按规定预征的土地增值税税额。
五、土地增值税的扣除项目
（一）房地产开发企业办理土地增值税清算时，清算项目有关的扣除项目的金额，应根据《
土地增值税暂行条例》第
六条及其《实施细则》第七条的规定执行。除另有规定外，扣除取得土地使用权所支付的金额、房地产开发成本、费用及与转让房地产有关税金，须提供合法有效凭证；不能提供合法有效凭证的，不予扣除。
