第十七条 基金缴纳人、代扣代缴义务人应当妥善保管已缴证明，不得擅自损毁。已经开具的已缴证明备查联和“煤炭可持续发展基金已缴证明（自开版）领购簿”，保存期限为五年。保存期满，经主管地税机关查验后销毁。
第十八条 丢失空白已缴证明的单位和个人，应当于丢失当日书面报告主管地税机关，并在报刊和电视等传播媒介上公告声明作废。
第十九条 适用自开版已缴证明的基金缴纳人必须按照规定要求和期限，持“煤炭可持续发展基金已缴证明（自开版）领购簿”、“煤炭可持续发展基金已缴证明（自开版）缴销报告表”和已开具自开版已缴证明的存根联连同作废、损失的全份已缴证明，向主管地税机关缴销。
第二十条 征收机关的征收人员必须按照规定要求和期限，持“煤炭可持续发展基金已缴证明结报手册”和已开具代开版已缴证明存根联连同作废、损失的全份已缴证明，向征收机关的票据管理人员缴销。对缴销的代开版已缴证明，双方核对无误后，要在“煤炭可持续发展基金已缴证明结报手册”上登记销号，并相互签字（盖章）。
第二十一条 征收机关的票据管理人员按照规定要求和期限，向上级或同级地税机关票据管理部门缴销；并同时报送“煤炭可持续发展基金已缴证明缴销汇总表”，报告所缴销已缴证明种类、数量。经上级或同级地税机关票据管理部门核对签收后，一份留上级或同级机关票据管理部门，一份退征收机关。
第二十二条 各级地税机关应加强已缴证明信息的采集、汇总工作。
适用自开版已缴证明的基金缴纳人使用“自开版开票软件”开具已缴证明，按月向主管地税机关报送电子数据，并由主管地税机关将数据信息导入网络版基金征管软件系统。同时报送“原煤销售流向汇总表”。
未与县（市区）地税局联网的基层税务所可使用单机版基金征管软件开具代开版已缴证明，由基层税务所报送汇总表并将数据信息录入网络版基金征管软件系统。
收购原煤的单位和个人在进行基金申报时，应按月向主管地税机关报送已缴证明的取得情况，同时报送“原煤来源汇总表”、“原煤销售流向汇总表”。
