三、关于项目界定及清算时点的问题
《办法》中涉及的房产开发项目，是以广州市发展和改革委员会批准的一个立项为一个项目。同一立项分期开发的房产开发项目，在最后一期开发的建筑物竣工结算并向建设管理部门提交《房屋建筑工程和市政基础设施工程竣工验备案表》的次季清算应交土地增值税。
四、关于转让房地产收入跨越征、免税期清算或结算应交土地增值税的问题
根据财政部、国家税务总局《关于对一九九四年一月一日前签定开发及转让合同的房地产征免土地增值税的通知》（财法字〔1995〕7号）中“一九九四年一月一日以前已签订房地产开发合同或已立项，并已按规定投入资金进行开发，其在一九九四年一月一日后五年内首次转让房地产的，免征土地增值税”、“对于个别由政府审批同意成片开发、周期较长的房地产项目，其房地产在上述规定五年免税期以后首次转让的，经所在地财政、税务部门审核……，可以适当延长免税期限”以及财政部、
国家税务总局《关于土地增值税优惠政策延期的通知》（财税字〔1999〕293号）中“此项免征土地增值税政策的期限延长至2000年底”的规定，对符合上述免税条件的房产开发项目和经广东省地方税务局批准延长免征土地增值税政策期限的广州市七个房地产开发项目（详见附件1），在免税期限内首次转让房地产的收入，免征土地增值税。免税房地产开发项目免税期满后仍有转让收入的，在进行项目清算或结算土地增值税时，对普通标准住宅或其他项目免税期内转让房地产收入的免征土地增值税，分别在《土地增值税清算申报表》的“批准抵缴税额”栏填列计算应补（退）土地增值税。计算公式如下：
（一）下列计算公式适用于按实清算或结算土地增值税时运用
批准抵缴税额=清算或结算项目免税期内转让房地产收入总额×应负担的税额
应负担的税额 =清算或结算的应缴土地增值税÷清算或结算项目转让房地产收入总额
（二）下列计算公式适用于按预征率清算或结算土地增值税时运用
批准抵缴税额=清算或结算项目免税期内转让房地产收入总额×土地增值税的适用预征比例
注：公式（一）中的“清算或结算的应缴土地增值税”是指《土地增值税清算申报表》中的第25行发生数；“清算或结算项目转让房地产收入总额”是指《土地增值税清算申报表》中的第1行发生数。公式（二）中的“土地增值税的适用预征比例”按照取得收入的时间来划分：2003年5月1日前取得的转让房地产收入，适用广州市地方税务局《关于对房地产开发企业预征土地增值税的通知》（穗地税发〔1995〕139号）中规定的预征比例；2003年5月1日后取得的转让房地产收入，适用广州市地方税务局《转发关于加强土地增值税管理工作的通知》》（穗地税函〔2005〕18号）中规定的预征比例。
