第十五条 清算程序
（一）提出申请
符合按实清算条件的纳税人提出清算申请时，须提交下列资料：
1．申请清算土地增值税的报告、预售房产证复印件、《
房屋建筑工程和市政基础设施工程竣工验收备案表》复印件、缴纳土地增值税的完税凭证复印件、无偿提供公共配套设施的资料。
2．房产出售情况表（见附件1）
3．开发项目成本扣除情况表（见附件2）
4．开发项目成本扣除情况补充说明（见附件3）
5．其他有关资料
（二）填报《土地增值税清算申报表》
1．对单一用途的房产开发项目，计算增值额时按照收入与扣除项目金额配比的原则填报《土地增值税清算申报表》；
2．对兼有普通标准住宅的综合楼开发项目，必须根据房产用途区分销售收入并据以分配扣除项目金额，分别填报《土地增值税清算申报表》。
（三） 计算清算税额
纳税人按项目或同一项目按用途分类，分别清算应交土地增值税。公式为：
清算应补（退）土地增值税税额＝应纳税额－已预交税额
应纳税额＝增值额×适用税率－扣除项目金额×速算扣除系数
增值额＝销售商品房收入－扣除项目金额
第十六条 结算
（一）房产开发项目全部转让完毕进行土地增值税结算的纳税人，必须同时符合以下两个条件（以下简称“按实结算条件”），扣除项目才能按实际发生的金额扣除：（1）按照法律、行政法规的规定设置账簿，并以查帐方式征收企业所得税；（2）按开发项目准确核算扣除项目实际发生数并能提供扣除项目成本费用支出的合法有效凭据。
其中条件（1）是以取得销售开发项目房产第一笔收入的当天为认定时点；对同一房产开发项目跨年度销售并在跨年度后改变企业所得税征收方式的，仍以销售该开发项目房产取得第一笔收入的当天所适用的企业所得税征收方式为是否符合按实结算的认定条件。
（二）房产开发项目全部转让完毕的季度终了后的纳税申报期内，对出售商品房取得的全部收入按扣除项目成本实际发生数进行土地增值税结算并作纳税申报，应交土地增值税按照结算的结果多退少补。
（三）对兼有普通标准住宅的综合楼开发项目，不能按照房产用途区分销售收入并据以分配扣除项目金额来分别核算和清算申报的，不得享受建造普通标准住宅增值额未超过扣除项目金额20%可免征土地增值税的政策。
