（一）违反本办法第九条、十二条、十三条、十五条、三十二条、三十三条、三十四条、三十五条规定的；
（二）违反本办法第五章有关药品存储和养护规定的。
第五十三条 医疗机构违反本办法第十四条规定的，按照《
云南省药品管理条例》第
五十八条的规定，由药品监督管理部门责令限期改正；逾期不改的，责令停业整顿，对单位并处应检查人数每人500元以上1000元以下罚款。
第五十四条 医疗机构违反本办法第十七条一款规定的，按照《
云南省药品管理条例》第
五十二条第一款的规定，由药品监督管理部门责令限期改正，并处1000元以上5000元以下罚款；逾期不改的，处5000元以上10000元以下罚款；情节严重的，由发证机关吊销《医疗机构执业许可证》，或者由卫生行政部门追究医疗机构负责人的责任。
违反本办法第十七条第二款规定的，按照《
云南省药品管理条例》第
五十二条第二款的规定，由药品监督管理部门责令改正，没收违法购进、使用的药品和违法所得，并处药品货值金额2倍以上5倍以下罚款；情节严重的，由卫生行政部门追究医疗机构负责人的责任，并由发证机关吊销《医疗机构执业许可证》。
第五十五条 违反本办法第二十一条规定的，按照
《药品管理法实施条例》第
六十七条的规定，由药品监督管理部门没收违法销售的药品和违法所得，并处违法销售的药品（包括已售出的和未售出的药品）货值金额2倍以上5倍以下的罚款；构成犯罪的，依法追究刑事责任。
第五十六条 医疗机构违反本办法第二十三条、第三十六条相关规定的，按照《
药品流通监督管理办法（暂行）》第
四十三条的规定给予处罚。
第五十七条 医疗机构及其负责人、药品采购人员、医师在药品购销和使用中违反本办法第二十四条规定的，按照《
云南省药品管理条例》第
六十条的规定给予处罚。
