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疫区地方人民政府报经自治区人民政府决定，可以对疫区实施封锁。自治区人民政府根据疫情和疫区地方人民政府请求，对疫区做出应急反应。
自治区卫生行政部门协调有关地区和部门对疫区疫情处理予以指导和支持，及时向国务院卫生行政部门报告疫情和处理情况并提出建议。
一般鼠疫疫情原则上实行属地管理，由疫情发生地的地（市）、县（区、市）卫生行政、专业部门在及时做好疫情信息的上报、通报的同时，负责完成疫区处理工作。
（二）重大鼠疫疫情的应急反应
重大鼠疫疫情是指在自治区行政区域内，发生动物间鼠疫大面积暴发流行，或在边远地区发生人间鼠疫流行，在一个鼠疫平均潜伏期（6天）同一疫点连续出现病例1～5例，但尚未传播到县级以上城镇或人口稠密地区。
重大鼠疫疫情由自治区人民政府组织领导本行政区域内的鼠疫疫情控制工作；自治区卫生行政部门协调有关地区和部门对疫区疫情处理给予指导和必要的支持。
重大鼠疫疫情发生后，疫区地方人民政府应立即设立鼠疫疫情预防控制临时指挥部，采取紧急措施，控制疫情的发展、蔓延。自治区人民政府设立鼠疫疫情预防控制临时指挥部，统一组织、指挥本行政区域内疫区疫情处理工作，并向国务院和卫生部报告。
重大鼠疫疫情发生后，由自治区级鼠疫预防控制专业机构直接负责有关疫情现场的应急处置，在及时做好疫情信息上报、通报的同时，实地安排、指导疫情发生地的地（市）、县（区、市）卫生行政、专业部门完成疫区处理工作。
（三）特别重大鼠疫疫情的应急反应
特别重大鼠疫疫情是指在自治区行政区域内发生人类鼠疫流行，在首例鼠疫病例确诊后，一个鼠疫平均潜伏期（6天）内连续出现5例以上鼠疫病例；或同期有联系的人间鼠疫波及2～3个地（市）以上，且传播到县级以上城镇或人口稠密地区，疫情复杂、传播迅速、影响特别严重，并有进一步扩大蔓延的趋势。
特别重大鼠疫疫情发生后，自治区人民政府应立即设立鼠疫疫情预防控制临时指挥部，组织、指挥本行政区域内疫情预防控制应急工作。自治区人民政府有关部门派出联络员参加有关工作。必要时，自治区人民政府有关部门设立部门鼠疫疫情预防控制临时应急机构，负责本部门疫情预防控制应急工作。
特别重大鼠疫疫情发生后，由自治区级鼠疫预防控制专业机构直接负责有关疫情现场的应急处置，在及时做好疫情信息上报、通报的同时，实地安排、指导疫情发生地的地（市）、县（区、市）卫生行政、专业部门完成疫区处理工作，必要时，可打破行政区域的限制，对全区鼠疫预防控制力量实行统一调配，防止疫情的扩散和蔓延。
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