水利工程实行统一管理与分级管理相结合的管理体制。大型水利枢纽和跨地（市）的水利工程由自治区水行政主管部门负责管理。中型水利枢纽和跨县（市、区）的水利工程由地（市）水行政主管部门负责管理。
　　其他中型及小型水利工程由所在地的县（市、区）水行政主管部门负责管理或由县（市、区）水行政主管部门委托工程所在地的乡（镇）人民政府负责管理。
　　微型水利工程由业主或受益户组成的用水协会、集体经济组织自行负责管理。
　　在自治区行政区域内的水利工程管理不符合上述分级管理要求的，应在核清债权债务、固定资产和人员等情况的基础上，由接收水利工程的当地政府协调，做好水利工程管理权移交工作，移交材料同时报上一级水行政主管部门备案。
　　水利工程管理单位负责水利工程的生产经营管理和维修养护，保证工程安全和发挥效益。
　　要建立和完善责任追究制度。水行政主管部门管理的水利工程出现安全事故、人为严重毁坏工程、非正常报废及不能发挥预期效益的要依法追究水管单位、水行政主管部门和当地政府相关负责人的责任。
　　（二）划分水管单位类别和性质，严格定编定岗
　　1. 划分水管单位类别和性质。根据水管单位承担的任务和收益情况，将水管单位分为三类，即纯公益性水管单位、准公益性水管单位和经营性水管单位。
　　第一类水管单位是指承担防洪、农牧业灌溉等水利工程管理运行维护任务的纯公益性水管单位，其定性为事业性单位。
　　第二类单位是指既承担防洪、农牧业灌溉工程等公益性任务，又具有供水、水力发电等经营性功能的水利工程管理运行维护任务的准公益性水管单位。其定性根据前三年平均收益情况，不具备自收自支的定性为事业单位；具备自收自支的定性为企业。已转制为企业的，维持企业性质不变。
　　第三类水管单位是指承担城镇供水、水力发电等水利工程管理运行维护任务的经营性水管单位，其定性为企业。
　　水管单位的具体性质由机构编制部门会同同级财政和水行政主管部门负责确定。
　　2. 水管单位定编定岗。定性为事业单位的水管单位，在对现有工程管理任务进行实际调查的基础上，根据所承担管理任务的大小对水管单位进行定岗定员，核定编制。定编定岗应根据国务院水行政主管部门和国家财政部共同制定的《水利工程管理单位定岗标准》，在批准的编制总额内合理定岗。其水管单位定编定岗由同级机构编制部门会同财政和水行政主管部门负责核定。

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