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面对新形势、新要求，农牧业科技工作还存在着一些不足：科技资源分散，研发能力不强，科技成果储备少；科技投入不足，科技手段落后，成果转化率低；服务体系不健全，科技人才紧缺，科技服务能力弱；农牧民文化素质低，科技意识淡薄，适应市场能力低等，必须在下一步工作中切实加以解决。
（二）农牧业科技发展面临的机遇
1．党和国家高度重视科技工作，为农牧业科技事业发展创造了新的历史机遇
党中央、国务院将科技进步提升到全局性的战略高度，提出了“提高自主创新能力、建设创新型国家”的目标。全区科技大会明确提出了“引创结合、重点突破、夯实基础、支撑发展”方针，将农牧业科技进步作为“一产上水平”的重要措施，提高了农牧业科技工作的战略地位。农牧业科技工作迎来重大转折和加快发展的机遇。
2．我区农牧业科技体系不断完善，为加快发展奠定了坚实的基础
经过五十多年努力，我区已初步形成了一批具有一定实力的农牧业科研、推广机构，培养了一批农牧科技人才队伍。目前，全区共有农牧业科研机构12所，涉农学术团体7个，自治区、地、县三级农牧科研推广机构151个，农牧科技人员1734名。一支具有高原特色的农牧业科研和推广体系基本形成，为农牧业科技的跨越式发展凝聚了能量，创造了条件，奠定了基础。
3．援藏工作重心向基层转移，支援“三农”的力度加大
各对口援藏省市在建设社会主义新农村，实施农牧民安居工程、加快农牧业产业建设、推进农牧业科技进步和创新等方面给予大力支持和援助，有力地促进了农村经济社会的全面发展。特别是全国农业援藏工作座谈会和全国科技援藏工作座谈会，进一步明确了“十一五”时期农牧业和科技援藏工作思路、目标和重点，必将给西藏农牧业科技发展带来新的机遇。
4．农牧区经济结构的战略性调整，为推动农牧业科技提供了新的舞台
“十一五”时期，是我区进一步深化农牧业和农村经济战略性调整，积极发展现代农牧业，推进社会主义新农村建设的关键时期。农牧业结构优化、产业升级和生产方式的变革，将对科学技术的发展提出更高要求，必然会形成对现代技术、特别是高新技术强烈需求的态势。农牧业科技创新与进步，已成为推进农牧业经济战略性调整，提高农牧业综合生产能力和农牧业经济效益的决定性因素。农牧业科技内涵和外延都将发生深刻的变化，必将为开辟农牧业科技领域提供新的舞台。
（三）农牧业科技发展面临的挑战
1．“十一五”末全区农牧民人均纯收入步入全国中等行列的任务，给农牧业科技工作提出了新的要求
“十一五”期间，是全区农牧业由加快发展迈向跨越式发展的关键时期，农牧业生产总值将由“十五”末的67.74亿元增长到88亿元、农牧民人均收入由2078元增加到3820元以上，步入全国中等行列。为此，农牧业科技必须解决创新相对滞后、体制和运行机制尚不完善、保障体系不健全等问题，必须适应农牧业产业升级，提高农畜产品竞争能力，适应市场对农产品多样化需求和农牧业增效、农牧民增收、农牧区发展的需求，调整科技发展目标、发展方向，农牧业科技必须率先实现跨越式发展。
2．大幅度提高全区农牧业科技贡献率，给农牧业科技提出新的挑战
目前，我区农牧科技贡献率仅为32.1%，低于全国15.9个百分点，且差距继续拉大。种植业方面，以青稞为主的粮食作物优良品种的更新换代滞后，小麦品质改良没有实质性的突破；畜牧业方面，畜种的良种覆盖率很低，牦牛为12%，黄牛改良为21%，绵羊为3%，绒山羊改良为16%，牧草的良种选育仍停留在引种试种阶段；园艺方面，保护地蔬菜种植技术的推广多分布在地（市）级城镇周围，果树优良品种及栽培技术长期未得到更换与推广，以核桃为主的干果良种选育与栽培技术研究刚开始起步等，科技成为农牧业经济增长的主导力量亟待提高。必须依靠现代科学技术，实现农牧业的“四个转变”，即：从广种薄收向优质高效转变、从原始饲养向现代经营转变、从自然增长向集约发展转变、从自然经济向市场经济转变。
3．创建西藏品牌，提高农畜产品附加值，农牧业特色产业的快速起步与发展，给农牧业科技带来新的挑战
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