第十一条 专项资金要按照国家有关法律、法规和财务规章制度和项目实施方案的规定，专款专用，任何单位和个人不得以任何形式平调、挤占和挪用；不得用于省卫生厅和财政厅下达项目管理方案规定用途之外的项目，以及国家规定不得列支的其他费用；不得用于基本建设或抵充行政事业经费；不得用于各种罚款、偿还债务、捐赠赞助、对外投资等支出。
对于擅自变更项目内容、挪用专项资金、地方应安排资金不能按时到位、不按期报送有关材料等问题，省卫生厅和财政厅根据具体情况和有关规定停止项目执行，暂停安排新的补助项目或收回专项资金。
第十二条 已批准并拨款的项目，在规定时间内未执行，由省卫生厅和财政厅收回资金。
第十三条 项目完成后如有资金结余，用款单位要及时上缴其主管部门，在报经省卫生厅和财政厅共同审核批准后，可继续用于与该项目有关的业务工作，并报卫生部、财政部备案。
第十四条 凡使用中央财政补助地方卫生事业专项资金及地方安排专项资金形成的资产，均属国有资产，应及时入账，纳入单位资产统一管理。要合理使用，避免闲置，充分发挥设备的应有作用，注重设备的平时维护和保养，延长设备使用年限。
第十五条 各级卫生和财政部门要加强对项目的监督检查，对资金的安全性、合规性和绩效情况追踪问效。在项目执行期间，省财政厅和卫生厅对项目执行情况进行专项检查或抽查，并按照有关规定对专项资金使用和项目实施过程及完成结果进行绩效考评。同时，要按规定接受财政部监察专员办对专项资金使用情况进行的监督检查。
第十六条 市、县卫生和财政部门要在年度终了45天内，逐级向省卫生厅和财政厅提交项目年度执行情况报告，项目结束60天内上报项目总结报告（县向市报告，市按要求向省卫生厅和财政厅报告）。省卫生厅和财政厅按照卫生部、财政部的要求，向两部提交项目年度执行情况报告和项目总结报告，包括项目执行情况、资金使用和管理情况、目标完成情况等。同时，将项目执行情况报告和项目总结报告抄送财政部监察专员办。
