第四条 新型农村合作医疗基金年度收支计划由试点县（市）卫生部门商财政部门报县（市）新型农村合作医疗管理委员会和县（市）人民政府批准后执行。县（市）卫生部门定期向同级财政部门和所在市（地）及省卫生部门报送收支计划执行情况。
第五条 试点县（市）卫生部门所属的经办机构（以下简称经办机构）在所在地农业银行开设新型农村合作医疗基金收入过度户，将参加统筹农民缴纳的基金临时存入该过度户，并随时转入财政部门在同一银行开设的新型农村合作医疗基金财政专户（以下简称财政专户），经办机构的收入过度户月末没有余额。
第六条 经办机构应及时将参加统筹农民缴纳的新型农村合作医疗资金存入财政专户；试点县（市）财政及时将中央财政、省级财政、试点县（市）所在市（地）财政拨付和本级财政在年度预算中安排的补助参加新型农村合作医疗农民的专项资金，用于资助特困群众参加新型农村合作医疗的医疗救助资金，以及接受乡村集体经济组织资助农民参加当地新型农村合作医疗的资金一并存入财政专户。新型农村合作医疗基金存储经办银行的利息收入直接并入该项基金。
第七条 参加统筹农民医疗费的核销实行基金收支分离、管用分开、封闭运行的管理方式。经办机构定期审核确定参加统筹农民实际发生的应由新型农村合作医疗基金核销的医疗费用（包括应由新型农村合作医疗基金核销的转诊医疗费用），汇总交由财政部门审核并开具申请支付凭证，委托代理银行直接将资金从财政专户转入医疗机构的银行账户或支付给参加统筹的农民。
第八条 试点县（市）财政和卫生部门要根据财政部、劳动和社会保障部颁发的《社会保险基金财务制度》及本试行办法，制定新型农村合作医疗经办机构财务管理办法，并报省财政厅、省卫生厅备案。试点县（市）财政部门要认真执行财政部颁发的《社会保障基金财政专户管理暂行办法》、《
社会保障基金财政专户会计核算暂行办法》及本试行办法，切实加强对新型农村合作医疗基金的财务管理和会计核算工作，确保基金安全、有效运行。
