第十二条 商业银行应当在收到排污费的当日将排污费资金缴入国库。对由省级环保部门直接收缴的排污费，国库部门负责按1：9的比例，10％作为中央预算收入缴入中央国库，作为中央环境保护专项资金管理，90％作为省级预算收入缴入省级国库，作为省级环境保护专项资金管理。
对由市县环保部门负责收缴的排污费，国库部门负责按收缴总额的10％作为中央预算收入缴入中央国库，作为中央环境保护专项资金管理；收缴总额的10％作为省级预算收入缴入省级国库，作为省级环境保护专项资金管理；其余80%部分作为市县预算收入，缴入同级国库，作为市县的环境保护专项资金管理。
第十三条 收缴排污费的环境保护行政主管部门应当根据“一般缴款书”回联，认真核对排污费缴库数额和级次，及时与国库对帐，并将“一般缴款书”回联与对应的“排污费缴纳通知单”存根一并立卷归档。
各级环境保护行政主管部门所属的环境监察机构负责排污费的催缴工作。
第十四条 排污费必须纳入财政预算，列入环境保护专项资金进行管理，用于下列污染防治项目的拨款补助或贷款贴息：
（一）重点污染源防治项目。包括技术和工艺符合环境保护及其它清洁生产要求的重点行业、重点污染源防治项目；
（二）区域性污染防治项目。主要用于跨流域、跨地区的污染治理及清洁生产项目；
（三）污染防治新技术、新工艺的推广应用项目。主要用于污染防治新技术、新工艺的研究开发以及资源综合利用率高、污染物产生量少的清洁生产技术、工艺的推广项目；
（四）缴入省级国库的装机容量30万千瓦以上的电力企业二氧化硫以外的排污费，全部用于企业所在地污染防治项目；
（五）国务院和省政府规定的其他污染防治项目。
第十五条 省财政、环境保护行政主管部门根据省环境保护宏观政策和污染防治工作重点，编制下一年度环境保护专项资金申请指南。
第十六条 申请使用中央和省级环境保护专项资金的，应当按照以下程序及要求进行申报：
（一）申报程序：中央和省级环境保护专项资金按照隶属关系，以项目形式申报。项目组织实施单位或承担单位为省级收缴企业的，可直接向省财政、环境保护行政主管部门提出申请；项目组织实施单位或承担单位为非省级收缴企业的，通过其所在设区市财政、环境保护行政主管部门联合向省财政、环境保护行政主管部门提出申请。
（二）申请材料要求：申请材料分正文和附件两部分，正文为申请经费的正式文件，附件为每个项目的可行性研究报告。
