第四条 排污费纳入财政预算，作为环境保护专项资金管理，全部专项用于环境污染防治，任何单位和个人不得截留、挤占或者挪作他用。
第五条 环境保护专项资金按照预算资金管理办法，坚持“量入为出和专款专用”的原则。
第六条 排污费资金的收缴、使用必须实行“收支两条线”，各级财政和环境保护行政主管部门应当建立健全各项规章制度，对排污费资金的收缴、使用进行严格管理，加强监督检查。
第七条 排污费按月或者按季属地化收缴。
装机容量30万千瓦以上的电力企业的排污费由省级环境保护行政主管部门核定和收缴，所有收入直接缴入省级国库。
原由省环境保护行政主管部门征收排污费的企业（除装机容量30万千瓦以上的电力企业外），自2004年1月1日起，交由设区市级环境保护行政主管部门核定和收缴。
第八条 排污者依照《
排污费征收使用管理条例》、《
排污费征收标准管理办法》对环境保护行政主管部门核定的污染物排放种类、数量提出复核申请的，如果对复核结果仍有异议，应当先按照复核的污染物种类、数量交纳排污费，并可依法申请行政复议或者提起行政诉讼。
第九条 排污者对核定的污染物排放种类、数量无异议的，由负责污染物排放核定工作的环境保护行政主管部门，根据排污费征收标准和排污者排放的污染物种类、数量，确定排污者应当缴纳的排污费数额并在媒体或以其他形式予以公告。
第十条 排污费数额确定后，由负责污染物排放核定工作的环境保护行政主管部门向排污者送达“排污费缴纳通知单”，作为排污者缴纳排污费的依据。各级环境保护行政主管部门应当同时建立排污收费台帐。
第十一条 排污者应当在接到“排污费缴纳通知单”7日内，填写财政部门监制的“一般缴款书”（五联），到财政部门指定的商业银行缴纳排污费。
对于未设银行帐户的排污者以现金方式缴纳的排污费，由执收的环境保护行政主管部门使用省财政部门统一印制的行政事业性收费票据，向排污者收取款项，并填写“一般缴款书”于当日将收取的款项缴至财政部门指定的商业银行。
