全面提高阶段（2013-2020年），生态市建设全面提升。全市经济、社会和生态环境建设开始步入良性循环，多中心、以绿色生态空间相间隔、开敞式的城市空间布局基本形成；以循环经济为核心的生态型城市经济体系基本成型；南京自然山水的生态景观和历史文化的人文景观进一步彰显，城市人居环境质量和城市内涵品质进一步提升，成为生态环境良性发展、生态经济高效发达、生态社会和谐相融的具有国际影响力的滨江生态型城市。
三、生态市建设的重点任务
（一）实施“绿色南京”工程，构建生态空间框架
建设和完善主城绿地系统，优化提高城区绿化水平。以明城墙风光带为主线，结合护城河水体、山林及周边公共绿地，形成完整的生态景观绿带。进一步加快出入城干道绿廊建设，高速公路、国省干线公路宜林路段绿化率达95%以上，形成环网相连的绿色生态景观通道。以长江为轴、远近山峦为依托，加强对沿江自然山林的保护和抚育，形成独特的自然景观。
以建成环城森林圈为目标，加快建设环城郊野公园。在丘陵地区实施天然林保护工程，恢复植被，增加林地面积。规划建设水土保持林，加强丘陵地区水土流失的综合治理。加快江河湖防护林体系和林业产业基地的建设。加强自然保护区的建设，建立河湖源头水源涵养区、江河湖湿地等生态功能保护区。
到2012年，全市森林覆盖率、绿化覆盖率和人均公共绿地面积达到国家生态市的标准要求，初步形成多层次、多功能、立体化、复合型的绿色生态网络体系。
（二）开展环境综合整治，合理利用保护资源
加大城乡生态环境综合整治力度，全面改善和提高南京环境质量。继续加强工业污染防治，实现工业企业的全面达标排放，有效控制污染物排放总量；调整优化产业结构和产业布局，从源头减少污染物的产生量；加强废弃物治理和利用，实施工业固体废物综合利用、危险废弃物安全处置、生活垃圾无害化处置工程；大力调整能源结构，积极发展清洁能源；加强机动车尾气污染控制，大力实施公共交通的清洁能源改造，发展绿色交通；强化粉尘、扬尘污染控制，全面改善大气环境质量；加强对交通噪声、施工噪声、社会噪声的管理和控制。
合理利用和保护南京市江河湖泊丰富的水资源。实施水功能区划管理，加强水环境污染防治，保障区域水生态安全。科学制定水资源利用计划，合理分配生活用水、生产用水和生态用水。大力开展工农业和生活节水工作，降低工农业和生活耗水总量。加强城市防洪排涝工程建设，提高城市防洪排涝能力。完成市区河道整治工程，开展农村河道环境整治工作，加强城镇污水处理系统建设，采取工程、经济等综合措施确保生态用水，努力实现水环境质量的全部稳定达标。
合理保护和利用土地资源。在加快工业化、城镇化进程中，注意优化用地结构，提高土地集约利用水平。严格土地管理制度，实现耕地总量动态平衡。进一步完善基本农田保护制度，加强生态用地保护。科学制定矿产开采规划，严禁在自然保护区、生态功能保护区、风景名胜区、森林公园内开山采石，开展矿山和荒山的生态恢复。
建立生态安全保障体系。完善生态安全预警和防治机制，加大对自然灾害的防治力度，维护公众生态环境安全；加强洪涝、干旱、地质、安全、污染等灾害防御体系建设；重点加强集中式生活饮用水源地建设和保护。
