1.对于侵权行为人停止侵权时限一般综合考虑商业秘密本身的性质、技术含量的多少，掌握的难易程度。如诉讼中商业秘密仍处于除当事人之外的秘密状态，一般判令侵权行为人应在该商业秘密被公开之前不准披露、使用的永久性保护。
对于某种商业秘密（如客户名单），其特殊性决定了长期禁止侵权行为人使用该商业秘密的内容将影响其生计。如当事人未约定竞业禁止情况下，无限期地禁止离职的员工使用其在任职期间所知悉的客户名单，往往会严重影响离职员工的生计。对于此情况下受到侵害的商业秘密，可以考虑在一定适当的期限内禁止侵权行为人使用，而不是一概的判令无限期的予以保护。
2.侵权行为人应承担的民事责任，针对侵权商业秘密的不同行为表现形式，可依当事人的诉讼请求做出相应的判令：
（1）对于非法获取他人商业秘密的行为，一般判令侵权行为人返还商业秘密的载体，并不准泄露该商业秘密。
（2）对于披露他人商业秘密的行为，一般判令侵权行为人赔偿经济损失，披露人在一定期限内不准使用该商业秘密。
（3）对于违法使用他人商业秘密的行为，一般判令侵权行为人停止侵权行为、赔偿权利人经济损失，具体标准为权利人受到损失或侵权行为人在侵权期间因侵权所获得的利润。权利人对该两种计算方法有选择权。以商业秘密权利人因侵权行为遭受的损失计算赔偿额，应主要考虑下列因素：商业秘密的成熟程度，商业秘密的利用周期长短以及是否可重复利用，商业秘密的许可使用和转让情况，市场的容量和供求关系，受侵害的权利人生产、经营收入的实际减少量、商业秘密研制开发的成本等。
以侵权行为人因侵权行为获得的利益计算赔偿数额，由侵权行为人赔偿权利人在侵权期间因侵权所获得的利润。侵权行为人因此所节约的研制、开发成本等可以作为确定赔偿数额的参考。
3.权利人请求赔偿制止侵权行为而产生的费用，如调查费用、律师代理费用等，只要有相应的合法证据，且该部分支出在合理限度之内，可以予以保护。
4.侵权行为人非法所得和权利人受到损失数额的证据难以收集的，人民法院可以参照有关法律和司法解释的规定在5000元～50万元范围内酌定侵权赔偿数额。酌定赔偿数额应综合考虑受到侵害的商业秘密的性质、技术含量、掌握的难易，权利人利用商业秘密从事生产、经营的时间和规模、权利人为获取该信息所投入的人力、财力以及侵权行为以权利人的生产、经营造成影响的大小等因素。
七、商业秘密侵权诉讼中技术鉴定问题
