第四十一条 对土地治理项目国家农发办主要批复年度实施计划的开发范围、任务及投资额等；省农发办根据国家农发办的批复，除批复州（市）年度实施计划的开发范围、任务及投资额外，并批复每个县（市、区）的单个项目，批复报国家农发办备案；州（市）农发办根据省农发办的批复，除批复县（市、区）年度实施计划的开发范围、任务及投资额外，还应对县批复单个项目的每一项单项工程和具体治理措施，并报省农发办备案。
对产业化经营项目，年度中央财政投资300万元以下的有偿和无偿资金结合扶持的产业化经营项目实施计划由省农发办批复，报国家农发办备案，其它产业化经营项目及年度实施计划由国家农发办批复，省农发办根据国家农发办要求对下批复。
省、州（市）、县（市、区）各级农发办应按照规定的时间分别向上一级农发办申报项目年度实施计划或备案其批复的项目年度实施计划，上级农发办应及时批复或核查。上级农发办对下级农发办报送备案的项目年度实施计划及其批复在收到的一个月内未提出异议的，视为同意。批复或备案的年度项目实施计划，作为拨借各级财政资金和进行检查验收的依据。
第四十二条 年度项目实施计划进行调整、变更和终止的，应按照以下规定进行。
（一）凡建设内容调整涉及财政资金额度达到100万元以上的，应在项目初步设计重新审定后逐级报经国家农发办批准；只涉及项目单项措施内调整且金额低于100万元的，或者治理措施间调整且金额在50万元以下的，应由组织审定该项目初步设计的州（市）农发办批准，并报省农发办备案；项目治理措施间调整且金额在50万元以上的，由州（市）农发办提出意见，报省农发办审批。未经上级机关批准，不得随意调整已立项项目的建设内容。
（二）项目变更（指项目性质、建设地点、项目实施单位的任何一项变更）或终止，须逐级报经组织该项目评估审定的国家农发办或省农发办批准。由省农发办批准变更或终止的项目，需报国家农发办备案。因项目变更而实施的新项目需按国家和省农发办的规定上报新项目的有关材料，未按规定报经批准，不得擅自变更或终止项目。
（三）项目变更、终止经国家农发办或省农发办批准后，州（市）、县（市、区）农发办应及时将项目变更或终止的决定正式通知项目实施单位或农民，并说明变更或终止的理由。
（四）经批准终止的项目的中央和省、州（市）财政资金（州、市不承担配套任务的除外），县（市、区）农发办须在收到项目终止正式通知一个月内逐级上缴省、州（市）农发办和国家农发办。
（五）终止项目及因项目变更而取消的项目，其已发生的有关费用支出，原则上由项目实施单位自行负担。
（六）所有项目的调整、变更或终止，应在项目立项当年年底或次年6月底之前集中申报，逾期由国家农发办和省、州（市）农发办逐级收回资金。
第四十三条 农业综合开发项目建设期为1-2年，其中：中型灌区节水配套改造项目及部分经国家农发办批准的项目建设期可为1-2年，其他农业综合开发项目建设期原则上为1年。凡纳入计划的项目，应如期建成，并达到国家规定的建设标准。
第四十四条 农业综合开发项目应当推行项目法人制、招投标制、工程监理制、资金和项目公示制。
