省鼠疫应急指挥部的主要职责如下：
（1）发生特别重大鼠疫疫情时，在国务院或国家鼠疫应急指挥部的统一领导下，负责组织制定涉及我省鼠疫疫情的控制方案，组织协调有关部门实施疫情控制工作。
（2）负责组织制定重大鼠疫疫情控制方案，组织协调有关部门实施疫情控制工作；宣布疫区范围；核准疫区封锁；如需封锁大、中城市的疫区或者封锁跨省、自治区的疫区，以及封锁疫区导致中断干线交通或者封锁国境的，报请国务院批准后组织实施。
（3）根据鼠疫应急处理工作需要，调集各类人员、物资、交通工具和相关设施、设备投入疫情防控工作。必要时请求卫生部给予支持。
（4）交通卫生检疫：负责组织铁路、交通、民航、检验检疫等部门在交通站点和出入境口岸设置临时交通卫生检疫站，对出入境、进出疫区和运行中的交通工具及其乘运人员和物资、疫源动物进行检疫查验，对鼠疫病人、疑似鼠疫病人及其密切接触者实施临时隔离、留验和向卫生行政部门指定的医疗卫生机构移交。
（5）信息发布：鼠疫疫情发生后，省政府有关部门按照规定做好信息发布工作。信息发布要及时、准确、客观、全面。
（6）决定有关疫情控制工作的其他重要事项。
各成员单位职责如下：
省卫生厅：负责组织制定鼠疫防治技术方案，统一组织实施鼠疫应急处理、医疗救治和各项预防控制措施，并进行检查、督导；组织开展疫区卫生处理，对疫情做出全面评估，根据鼠疫防控工作需要，依法提出隔离、封锁疫区和发布疫情信息的建议。
省经委：紧急动用省级医药储备，迅速向疫区提供疫情控制、预防和患者治疗以及消杀灭等方面的储备药品和器械；及时组织调运疫区人民生产、生活必需物资。省卫生厅协助做好应急物资储备工作。
省公安厅：做好鼠疫疫区封锁，维护疫区稳定，加强疫区治安管理、交通疏导和安全保卫工作。
省交通厅、兰州铁路局、民航甘肃监管办：按照《国内交通卫生检疫条例》及其实施方案，负责各自职责范围内的交通卫生检疫工作，优先运送疫情处理人员、药品器械和有关物资。
甘肃出入境检验检疫局：涉及国境卫生检疫时，按《
中华人民共和国国境卫生检疫法》及其实施细则的规定办理。
省食品药品监管局：负责组织开展食品事故查处，应急处理药品、器械和设备生产等环节的监督与管理。
省林业厅：负责疫区野生动物异常情况的监测，协助做好疫情发生地的隔离封锁和动物疫区处理工作。
省农牧厅：负责做好疫区家畜鼠疫动物病防控与监督工作。
省财政厅：负责安排并及时拨付鼠疫应急处理所需经费，做好资金使用的监督管理。
省商务厅：负责疫区重要生活必需品的应急供应工作。
省工商局：加强市场监管，严把市场主体准入关，严厉查处集贸市场上非法收购、出售和加工旱獭等鼠疫疫源动物及其产品的单位和个人。指导集贸市场开办者和有关动物及其产品经营者搞好自律管理。
省民政厅：对符合救助条件的鼠疫病人提供医疗、生活救助。落实应急处理工作中殉职人员国家相关抚恤政策。
