（1）领导、组织、协调事故应急处置工作；
（2）负责事故应急处置重大事项的决策；
（3）负责发布与事故相关的重要信息；
（4）审议批准应急处置工作报告等；
（5）向市委、市政府和上级有关部门报告食品安全应急工作开展情况。
2.2 日常工作机构（办事机构）
2.2.1 南京市食品安全委员会办公室是食品安全事故应急工作的日常工作机构。其主要职责是：
（1）负责落实市食品安全委员会关于食品安全事故应急工作的决定和部署；
（2）制定和修订应急处置方案；
（3）建立专家委员会，协助专家委员会处理日常事务；
（4）建立和维护食品安全监测体系，收集相关的信息；
（5）组织应急人员培训和应急演练；
（6）指导区县应急处置机构做好一般食品安全事故应急处置工作。
2.2.2 突发特别重大（Ⅰ级）、重大（Ⅱ级）和较大（Ⅲ级）食品安全事故时，市食品安全委员会办公室转为食品安全事故应急指挥机构的办事机构--南京市食品安全事故应急指挥部办公室。其主要职责是：
（1）贯彻市应急指挥部的指示，统一指挥、组织实施事故应急处置工作；
（2）检查督促各地区、各单位作好各项应急处置工作，及时有效控制事故，防止蔓延扩大；
（3）研究协调解决事故应急处置工作中的具体问题；必要时决定采取有关控制措施；
（4）向市政府、市应急指挥部及成员单位报告、通报事故应急处置工作情况；
（5）根据市应急指挥部授权，向新闻机构发布或提供事故有关信息，必要时接受媒体的专访；
（6）完成市应急指挥部交办的其他任务。
2.3 专业处置机构（处置工作组）
市食品安全委员会成员单位为食品安全事故的专业处置机构；突发特别重大（Ⅰ级）、重大（Ⅱ级）和较大（Ⅲ级）食品安全事故时，根据需要组成若干处置工作组。
2.3.1 专业处置机构及职责
市食品药品监管局负责市应急指挥部办公室工作，落实办公室各项职责；拟订应急方案，组织协调应急处置工作，收集信息，分析动态；依法组织对重大食品安全事故的查处，提出处理意见；组织开展应急处置、宣传、教育、培训、演练等工作。
市卫生局负责食物中毒的应急响应及病员救治，依法开展食物中毒的卫生学原因调查处理和相关技术鉴定等工作；依法开展消费环节食品安全事故调查处理等工作。
市农林局负责组织对农产品质量安全事故的调查，依法开展农产品质量安全事故的处理和相关技术鉴定等工作。
市经委负责食品安全事故应急救援所需物资的组织、协调、供应。
