“十一五”期间，全市卫生事业要以党的十六大和十六届五中、六中全会精神以及“三个代表”重要思想为指导，以科学发展观统领全局，以人的健康、人群健康、社会健康为主导，以健康公平和建设创新、和谐卫生为根本，以建立健全公共卫生体系、提高公共卫生能力为核心，以疾病预防控制和农村卫生、社区卫生工作为重点，按照市第十二次党代会提出的“全面达小康，建设新南京”的要求，围绕建设全国一流医疗卫生服务基地的目标，在更高层次上实施“135”卫生发展战略，加快实现卫生基本现代化。
　　全面落实新时期卫生工作方针，应遵循“六个更加突出”的指导原则：
　　--更加突出城乡统筹发展，切实提高农村卫生工作水平。按照十六届五中全会提出的“建设社会主义新农村”的目标，进一步改善农村卫生服务条件，保障农民的健康权益，切实加大农村卫生工作力度，积极探索构筑城乡卫生事业统筹发展的新机制，认真研究帮促城乡同步协调发展的新思路，不断提升农村卫生服务能力。
　　--更加突出以人为本，着力缓解“看病难、看病贵”问题。把提高人民健康水平作为卫生事业发展的出发点，把满足群众基本卫生服务需求作为着力点，把群众满意作为衡量事业发展的最高标准，自觉维护人民健康权益，增强医疗卫生服务的公平性与可及性；坚持深化改革，创新体制机制，改革卫生行政管理体制，改革公立医疗卫生机构内部机制，提高运行效率效益；加强惠民医疗网络建设，保障困难群众的基本医疗需求。
　　--更加突出公共卫生服务，不断加强公共卫生体系建设。健全突发公共卫生事件应急处置机制，进一步改善和提高基层公共卫生硬件设施水平，强化公共卫生信息和指挥系统建设，健全突发公共卫生事件预测、预报、预警机制；加强人员培训和人才队伍建设，全面增强突发公共卫生事件的监测、反应、救治、监督和指挥决策能力；积极做好重大和新发生传染病预防控制工作，强化卫生监督管理和医疗机构综合执法检查。
　　--更加突出政府主导与市场机制相结合，充分提高卫生资源利用效率。正确区分卫生领域政府行为与市场机制的不同作用范围，分清政府与市场的责任界限，把政府职责履行好，把市场机制利用好，广泛开拓医疗卫生资源，形成政府办医为主导、多种所有制并存、管理体制顺畅、运行机制灵活、市场监管有力的医疗服务市场新格局。坚持统筹协调，推进卫生资源战略性调整，确保卫生工作的公平性、可及性和效率性，引导卫生事业健康发展。
　　--更加突出社区卫生服务，合理引导病人分流。在科学规划、构建网络的基础上，着重加强社区卫生服务工作的内涵建设，完善规章制度，规范工作程序，强化队伍建设，拓展服务功能，建立科学评价考核体系，实行信息化管理，不断提高社区卫生服务质量；促进社区卫生服务中心与医院和预防保健机构合理分工、双向转诊、首诊负责制两级新型城市卫生服务体系的形成，为城市居民提供低成本、广覆盖、高质量的社区卫生服务，使居民人人平等享有基本卫生服务。

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