1、正确处理水利工程的社会效益与经济效益的关系。既要确保水利工程社会效益的充分发挥，又要引入市场竞争机制，降低水利工程的运行管理成本，提高管理水平和经济效益。
2、正确处理水利工程建设与管理的关系。既要重视水利工程建设，又要重视水利工程管理，在加大工程建设投资的同时加大工程管理的投入，从根本上解决“重建轻管”问题。
3、正确处理责、权、利的关系。既要明确政府各有关部门和水管单位的权利和责任，又要在水管单位内部建立有效的约束和激励机制，使管理责任、工作绩效和职工的切身利益紧密挂钩。
4、正确处理改革、发展与稳定的关系。既要从水利行业的实际出发，大胆探索，勇于创新，又要积极稳妥，充分考虑各方面的承受能力，把握好改革的时机与步骤，确保改革顺利进行。
5、正确处理改革目标与长远发展的关系。既要努力实现水管体制改革的目标，又要确保新的管理体制有利于水资源的可持续利用和生态环境的协调发展。
三、水利工程管理体制改革的主要内容和措施
（一）明确权责，规范管理
1、水利工程实行统一管理与分级管理相结合。水利工程管理职责划分依据《
南京市防洪堤保护管理条例》的有关规定执行。
2、明确水行政主管部门和水管单位的管理责任。各级人民政府应依法保障本行政区域内水利工程的安全，限期消除险情。水行政主管部门对辖区内各类水利工程负有行业管理责任，负责监督检查水利工程的管理养护和安全运行，对其直接管理的水利工程负有监督资金使用和资产管理责任。各级水行政主管部门要按照政事分开、事企分开的原则，转变职能，改善管理方式，提高管理水平。
水管单位具体负责水利工程的管理、运行和维护，保证工程安全和发挥效益。
3、建立和完善责任追究制度。水行政主管部门管理的水利工程出现安全事故的，要依法追究水管单位、水行政主管部门和当地政府负责人的责任；其他单位管理的水利工程出现安全事故的，要依法追究业主责任和水行政主管部门的行业管理责任。
（二）划分水管单位性质，严格定编定岗，实施事企分离
对承担防洪、排涝、水资源管理和水利工程管理等公益性职能的水管单位，定性为事业单位。对承担水利工程维修养护等作业任务的水管单位，作为经营性水管单位，定性为企业。
