推进全市环境保护与生态建设的指导思想是：以邓小平理论和“三个代表”重要思想为指导，以科学发展观统领全市经济、社会、环境发展全局，把环保优先作为全市经济与社会发展的战略导向，加快生态市建设步伐，紧紧抓住转变经济增长方式这一核心，按照“不欠新账，多还旧账”的原则，着力解决群众关心的突出环境问题，切实做到推进经济建设与推进环境保护并重，提升产业竞争力与提升环境竞争力并重，加快城市建设与加快生态建设并重，考核经济效益与考核环境效益并重，全面建设环境友好型社会。
全市环境保护与生态建设工作的总体目标为：到2007年底，全市环境质量综合指标达到全面小康社会标准。到2009年底，全市主要环境指标基本达到国家生态市考核要求。到2010年，主要污染物得到有效控制，危害群众健康的突出环境问题基本得到解决，生态环境明显改善，公众的生态意识与环境意识进一步提高，经济、社会和环境协调发展的机制进一步健全。与“十五”期末相比，单位地区生产总值能源消耗降低20%左右、二氧化硫排放总量降低9.2%、化学需氧量排放总量降低17.2%、森林覆盖率提高到25%以上、全社会环保投入占全市生产总值的比重保持在3%以上。
三、着力推进环保优先方针的全面落实
落实环保优先的核心是解决好加快发展与保护环境的关系；关键是各级领导干部要牢固树立自觉服从环境保护要求的发展理念；重点是在经济社会发展的全过程中切实做到“十个优先”。
1、在法律法规制定上，优先进行环保立法。在依法治市进程中，优先加强环境法制建设，围绕建设生态市和最佳人居环境目标，把环保法规作为立法的重点，优先纳入立法计划。加快《南京市水污染防治条例》的修订、《南京市城市供水节水管理条例》、《南京市固体废物污染环境防治条例》、《南京市核与辐射污染环境防治条例》、《南京市机动车尾气排放监督管理条例》、《南京市循环经济促进办法》、《南京市资源综合利用条例》的制定。
2、在发展规划编制上，优先编制环保规划。把环境保护规划作为全市经济社会发展的基础性、约束性、指导性规划，从源头上预防环境污染与生态破坏。优先实施《南京生态市建设规划》，把生态市建设中相关指标纳入全市经济与社会发展的核心指标体系，并具体体现在对《南京城市总体规划》、《南京土地利用规划》、《南京市工业发展布局规划》、《南京市产业发展规划》、《城市交通道路发展规划》等规划的调整修编中。其它专项规划在编制过程中要主动做到与环保规划、生态功能区划的衔接。
