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4、加强生物资源保护。
（1）保护珍稀动植物。通过设立自然保护区、保护站，对珍稀物种进行切实有效的保护。落实有效措施保护已列入的8种市重点保护珍稀植物、16种市重点保护珍稀野生动物（其中一级保护动物3种）。将一些分布面积和数量日益减少、具有一定经济和学术价值的动、植物种类列为南京市的珍稀濒危保护物种，包括水蕨、过山蕨、太子参、雀儿舌头、绞股蓝、亚洲岩风、虾须草等植物。
（2）建立生物多样性保护信息系统。加快对重点地区进行生物多样性调查，建立完善野生动植物物种信息系统。加强重要野生动植物资源、湿地资源和自然保护区的动态监测，建立野生动植物及其栖息地保护网络。
（3）防止外来物种入侵。为确保本地生物多样性的安全，完善动物、植物检疫法和实施办法，加大内外检验检疫力度，建立禁区（重点防治区域）管理制度，防止新的外来物种侵入；提高对外来物种的监控和治理能力，保证生态安全。
5、合理利用和保护长江岸线资源。
（1）加强对长江岸线资源的管理。认真实施南京市岸线资源利用规划，加强对长江岸线利用的统筹安排，优化配置港口、基础产业、城市生活、旅游景观、过江通道，以及水源与生态保护岸线，引导产业合理利用长江岸线，加强岸线利用的生态控制。试点开展优质岸线资源的储备，做到岸线的有序、高效利用。控制岸线开发利用的程度和强度。
（2）集约利用长江岸线资源。按照“深水深用、浅水浅用”的原则，严格控制深水岸线的占用，优先作为深水泊位使用，实现岸线的高效使用。浅水岸线作为生活岸线和生态岸线。有重点地发展公用码头，严格控制货主单位占用岸线，努力实现岸线的集约利用。
（3）加强生态岸线的保护。严格保护生态岸线，特别要保护生态敏感岸线，保护和恢复沿江湿地自然生境，维护区域物种多样性。重点保护南岸的慈湖口-铜井岸段、牧龙河口-江宁河口岸段、秦淮新河口-三汊河口岸段，以及南岸的乌江河口-骚狗山东岸段、滨江-陈圩岸段、浦口京新村-南钢岸段、通江集-沙洲桥岸段、白庙河口西-小河口岸段。
6、合理利用和保护矿产资源。
（1）合理利用特色矿产资源。立足长远，对优势矿产资源实行节约使用、清洁开发、高效生产、生态恢复，建立生态产业链，提高资源的效益。对一般性矿产在不破坏生态环境的前提下实行有控制的开采。不新增采矿企业和采矿点，老矿区实施生态恢复和转型。实施机场路、高速公路、长江沿线及重要景观地区的可视范围的禁采，对采矿宕口实施全面的生态修复，2010年前取得明显成效，生态破坏区的生态修复率达到90%。
（2）加强矿产资源的统一管理。严格矿产资源开发准入条件，强化资格认证和许可管理，严格按照法律法规和规划开发。完善矿产资源开发管理体制，健全矿产资源有偿占用制度和矿山环境恢复补偿机制。按照规定，划定禁采区。
（四）以加强污染防治为重点，构建优良环境体系
以改善全市环境质量为核心，以加强污染防治为重点，加快环境基础设施建设，努力解决历史上遗留的环境问题，解决突破生态市建设中环境瓶颈指标，全面加强环境保护和建设，提升环境承载力，实现水、气、声等功能区环境质量全面达标，构建优良环境体系。
1、加大水环境综合整治力度，全面改善水环境质量。
（1）优先重点保护饮用水水源。严格保护集中式饮用水源地，确保城市集中式饮用水源达标率稳定在100%，农村饮用水源地水质达标率达到96%以上。优先保护夹江、燕子矶、八卦洲等8个长江集中饮用水源地，以及中山水库、方便水库、姚家水库、固城湖等8个湖库集中饮用水源地。实施饮用水源保护地建设工程。划定一、二级保护区，落实保护措施，建设生态保护岸线。清除一级水源保护区内的一切排污口和与取水不相关的设施，清理煤场、沙场、码头等违章建筑。提高对饮用水源的监控能力，实行水质自动在线监测，并建立起饮用水源水质预警体系。重视农村地区饮用水源地的环境保护和综合整治。重点加强秦淮新河的水环境整治，优化放流方式，保护夹江水源地水质。实施上元门水厂水源下移改造工程，改从城北水厂水源地取水；实施六合二水厂水源外移改造工程，改从八卦洲上坝取水。加快实施六合、浦口、江宁、溧水、高淳等区县的城镇、农村改水工程，向区域、规模、优质供水方向发展。
（2）加快污水集中处理系统建设。建设和完善主城污水集中处理系统，全面建成和完善江心洲、城北、城东三大城市污水处理系统和污水收集输送系统；扩建城东污水处理系统二期（10万立方米/日），新建铁北污水处理系统（10万立方米/日），到2010年末主城具备124.5万立方米/日的处理能力，主城区域生活污水集中处理率达85%以上。建设仙林、江北、东山污水处理系统，总规模20万立方米/日，区域生活污水集中处理率达70%以上。建成和完善南京经济开发区、高新技术开发区、江宁经济技术开发区、南京化学工业园等9个省级以上开发园区污水集中处理系统，到2010年处理能力达到40万立方米/日。建设永阳、雄州、淳溪等重点镇污水处理系统，总规模达到6万立方米/日以上；建设桠溪、汤泉、汤山等9镇污水处理系统，总规模达到4.5万立方米/日。到2010年城镇污水集中处理率达到75%以上。重点建设与污水厂相匹配的污水收集系统，实施老城区合流制排水管道的分流制改造，发挥污水处理厂的环境效益。
（3）加强河流湖泊的综合整治。在主城，继续整治外秦淮河、内秦淮河、金川河、西北护城河、东南护城河、河西水系及南河等7条河道水系，保持景观水位，实施污水截流、生态护砌、清除淤泥、引水补水和流域泵站改造等工程。综合治理玄武湖、莫愁湖、月牙湖等3个湖泊，控制内源污染、实施外部截污、引水补水及生态恢复。通过引水工程，保证玄武湖、内秦淮河、外秦淮河等生态用水，实现死水变活。在新城区及郊县，实施滁河、九乡河、七乡河、秦淮新河、石臼湖、固城湖等河流湖泊，永阳、雄州、淳溪等城镇河道的综合整治，全面改善郊区县水环境质量。
（4）控制削减水污染物的排放。鼓励企业进行工艺改造，提高工业用水利用率，减少废水排放总量。加强各企业废水处理设施的运行监控管理。对上海梅山、南京化工厂、南化公司等20余家重点水污染企业，加大污染治理投入，新扩改建治理项目，大幅度削减排放总量。全面提高全市工业废水处理率和达标率，“十一五”期间确保工业废水排放达标率稳定达到95%以上，主要水污染物排放总量削减10%。同时，扩大在线监控范围，对全市重点水污染企业进行在线监督管理。通过调整产业结构、推行清洁生产、采用先进技术改造、改造工业废水治理设施，以及加强工业污染源的长效监督管理等措施，依法关、停、并、转高耗水和高污染的企业，从严控制工业水污染物的排放。加快开发区污水处理厂建设，提高污水集中处理率。严格控制排放有机毒物和一类污染物的新建项目，对新建有潜在有毒物质排放的项目进行污染风险论证。加强对难降解的有毒、有害物质的监测和治理，控制有机毒物和一类污染物的排放总量。发展生态的农业生产方式，减少化肥、农药等农业化学品的使用量，有效减少农业面源污染。实现全市COD、氨氮排放总量的有效控制。
2、加强大气污染防治工作，改善大气环境质量
（1）调整能源结构。全面实施天然气利用工程，建成亚东、柳塘、马群、五佰户、双龙、铁心桥、城南等高压调压站，全面实现天然气入户目标。鼓励建设燃气发电机组，建成扬巴公司3台4.1万千瓦和1台6万千瓦燃气机组和华能金陵电厂3台39万千瓦燃气机组。关停污染严重的小型燃煤电厂，逐步限制与禁止使用污染严重、技术落后的直燃煤锅炉，推广水煤浆等煤的洁净燃烧技术，工业园区全面实施热电联产和集中供热。
（2）控制二氧化硫排放和酸雨污染。加大对燃煤电厂的二氧化硫治理力度，南京热电厂、华能电力南京分公司、南京第二热电厂、南京新苏热电有限公司、扬子石化热电厂、中石化金陵公司热电车间等企业现有燃煤发电机组全面实施脱硫工程，完成下关电厂技改搬迁工程，削减二氧化硫排放3.7万吨/年。新建燃煤电厂必须根据排放标准配套安装脱硫装置。治理工艺尾气中硫排放。推进钢铁、化工、建材等行业二氧化硫综合治理，在炼油、石化等行业实施高效硫回收。控制钢铁企业铁精矿、原料煤以及石化企业原油的含硫率，实施烧结烟气脱硫。加快南京钢铁联合有限公司、宝钢集团上海梅山有限公司原有炼铁、炼钢系统的改造，逐步淘汰技术落后的烧结机、小转炉、小高炉、小型轧钢，提升现有污染防治水平，削减二氧化硫排放量0.5万吨/年。实施清洁能源普及计划，推动中小燃煤锅炉清洁能源改造。2010年，全市二氧化硫排放总量有效控制在13.6万吨/年以内。
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